干扰素在治疗乙肝方面的作用，主要是通过和靶细胞表面的干扰素受体结合，阻止病毒蛋白质合成，从而抑制乙肝病毒复制，发挥抗病毒的作用。干扰素还具有多重免疫调理作用。因此，干扰素在治疗乙肝方面起着非常重要的作用。
该药可以用来治疗人乳头瘤病毒引起的尖锐湿疣，具有抗病毒，提高免疫功能的作用，后者具有增强巨噬细胞的吞噬功能，增强细胞对t细胞的杀伤作用和天然杀伤性细胞的功能。
丙型肝炎治疗方面最常用的药物，这种药物的副作用确实是很多，对骨髓有抑制性的作用，可以使白细胞血小板一过性的下降，也可以使转氨酶一过性升高，长期用这种药物也有可能会出现脱发，神经方面的一些症状，可以诱发自身免疫性疾病的发生。
打干扰素的副作用比较多，最常见的有对骨髓系统的抑制可以出现白细胞、血小板下降；有可能会造成免疫系统紊乱，比如诱发自身免疫性肝炎、甲状腺疾病等；会干扰血糖，对于本身有血糖代谢异常或者糖尿病患者，干扰素有可能会导致血糖紊乱；有可能会诱发精神因素，干扰素有可能会导致患者出现抑郁症或者焦虑症等精神问题；干扰素有可能会导致心脏传导系统出现问题，比如最常见的就是出现病态窦房结综合征。
丙型肝炎的治疗效果很好，但副作用更明显。它们的用法有所不同。可能会导致发烧，特别是使用第一针时。因此，有必要有退热药。当体温超过38度时，将使用一次。此外，可能会发生白细胞减少，有些可能会脱发，所以尽量防止它。
乙肝患者打干扰素的副作用最常见的是发热及流感样综合征，患者体重减轻、脱发、情绪激动，骨髓抑制致血细胞、血小板减少，轻度贫血，偶可发生神经系统损伤，影响内分泌系统功能，亦有产生干扰素抗体者。
