一般情况下，婴儿鼻炎每天凌晨三点咳嗽几声可能是以下原因引起的。具体分析如下：
小儿的鼻炎在凌晨出现咳嗽，很有可能是因为婴幼儿的过敏性鼻炎。也有一些原因是因为婴幼儿的急性鼻炎，这是因为病毒感染所致的鼻粘膜的急性炎性病变，会出现发热、鼻塞、流鼻涕等情况。当鼻液逆向流入咽喉时，会对咽喉粘膜造成一定的刺激，会导致咳嗽等。宝宝早上出现剧烈的咳嗽，也是因为孩子的胃内容物倒灌到了咽喉，会对咽喉粘膜造成一定的刺激。
干咳是一种比较危险的疾病，一般会有较多的婴儿出现，偶尔会出现干咳，对孩子的身体造成伤害。
造成孩子偶尔干咳的主要原因，如果是受了冷空气的刺激，就会出现干咳。感冒会刺激呼吸道粘膜，引起充血、水肿、渗出等症状，引起干咳的发生，初期不会有微生物感染，但随着时间的推移，可能会引起继发性病毒细菌，引起感染，对孩子的身体健康造成很大的影响。
此外，还会出现过敏性干咳，这是一种常见的过敏体质，会导致孩子出现频繁的干咳，严重的话会影响到宝宝的呼吸，造成更大的疼痛。
婴儿咳嗽又吐多见于胃肠型感冒，主要表现为恶心、呕吐、腹痛、腹泻等消化系统症状。这段时间的饮食要以清淡的食物为主，多吃多餐。可以口服一些对症的药物，例如：橘红痰咳液、灯台叶颗粒等；如果是呕吐，可以口服猕猴桃颗粒、健脾口服液、猕猴桃颗粒、双歧杆菌四联活菌片、乳酸菌素片等。需要做血液常规的检查，确定病因，进行抗病原体的治疗，可以使用青霉素、阿莫西林等抗菌药物。
宝宝出现呕吐时，要注意有没有感染，如果出现了感染，那么一定要注意预防，如果是因为咳嗽出现了感冒的征兆，那么不仅仅只是止咳，还会导致支气管肺部的痰液无法排泄，从而导致炎症加重。
如果出现了支气管炎和肺炎的情况，可以通过服用阿莫西林克拉维酸钾、头孢克肟粒子进行抗菌药物，孟鲁司特钠可以减少气道高反应，可以服用氨溴特罗，可以服用止咳化痰，鼻腔分泌物可以选择喷雾式吸入。
一般来说，婴儿咳嗽缓解的办法有以下两种：
一，调整饮食，家长一定要给宝宝多喝水，保证宝宝充足的睡眠。还用注意饮食以清淡、易消化为主，尽量不吃辛辣刺激性食物。
二，保持室内温湿度适宜。咳嗽严重，喉咙有痰时，可以让孩子吸入蒸汽，还可将宝宝抱起来，抚摸背部，轻轻拍打。
此外，家长还可在医生的指导下给婴儿服用红霉素、阿奇霉素等药物进行治疗，具有抗炎、抗感染的作用。
孩子偶尔咳嗽需要了解咳嗽的原因，有时候孩子喂奶太多引起吐奶，咽喉部出现奶液刺激引起咳嗽或者是天气干燥引起的咳嗽，这些原因给孩子适当的进食些水，可以缓解，但如果长期是这样的话，可以到当地正规医院进行检查做治疗。