肛瘘的治疗目标是尽可能减少括约肌损伤，消除肛瘘内口和任何相通的上皮化瘘管。手术治疗原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐愈合。根据瘘管深浅、曲直，可选用挂线疗法、肛瘘切开或切除术。少数可行肛瘘切除后一期缝合或游离植皮。
可以服用抗生素抗感染治疗，然后局部涂抹乳膏，每次排便后用温水清洗肛门，保持肛周的局部清洁，但是如果肛瘘反复发作，瘘口比较多，形成了复杂性肛瘘，使用保守的治疗方法效果不好，要选择手术治疗，主要是手术切开引流。
如果是还未到分娩期，出现了宫缩，使用药物进行解经，抑制宫缩等治疗，如果应用了这些药物宫缩还是不可避免，而且出现了规律宫缩，会发生流产或者是早产，可以住院治疗。
如果出现肛瘘症状，说明痔疮或肛裂没有及时治疗。肛瘘只能通过手术治疗，没有其他方法，而且这段时间需要定期排便。平时多吃新鲜蔬菜，水果出现无食，养成良好习惯，避免便秘。
尽快进行手术切除。这是治疗癌症的基本方法。采用化疗或放疗抑制癌细胞的进展，也可以辅助中药进行调理治疗。应该有积极和良好的心态，注意休息，避免过度劳累，预防感冒，多吃清淡易消化的食物，注意保持排便通畅。
