口腔溃疡的治疗以消除病因、增强体质、对症治疗为主，治疗方法应坚持全身治疗和局部治疗相结合，中西医治疗相结合，生理和心理治疗相结合。口腔溃疡常呈周期性发作，复发时间长短与口腔溃疡病史长短有密切关系。
口腔溃疡可以在医生的指导下服用抗炎药物可有效抑制细菌滋生。口腔溃疡是因为人体口腔表面细菌分布过多，导致舌体、口腔内部发生炎症反应引发口腔溃疡，可以多吃一些流食或者半流食，例如面条、面片、蔬菜粥。不过要注意吃的食物温度不能太高，以免烫伤口腔黏膜，加重溃疡的病情。
出现口腔溃疡等引起来的不适一般和维生素的缺乏免疫力下降，以及近段时间口腔过锐的牙齿残根不良刺激物的刺激等都有一定的关系。这段时间注意多休息，不要熬夜，少吃辛辣刺激性的食物，多吃些新鲜的瓜果蔬菜，尽早及时的治疗牙龈炎和龋齿，有时间还是多到户外活动，增强自身的免疫力。
口腔溃疡治疗原则是消除致病诱因，增进机体健康，减轻局部症状，促进溃疡愈合，但是目前还没有特效药物，所以治疗时应针对每个病例的致病诱因和对药物的反应，有侧重地采用治疗方法和药物。平常注意休息，避免进食酸辣刺激食物，以减少复发次数。
口腔溃疡属于一种病因不明的疾病，临床口腔溃疡由于病因不明，治疗的方案就是对症治疗。口腔溃疡临床治疗没有什么特效的疗效，一般七天左右可以自愈。补充维生素对口腔溃疡愈合有很大的帮助。
孕期口腔溃疡需要通过局部治疗、日常护理等方式来治疗。
怀孕期间有口腔溃疡需要进行局部的治疗，同时需要在口腔科或者妇科专家的帮助下进行局部的用药，避免自行服用，导致自身和胎儿都出现异常。可以用生理盐水，不会造成任何的伤害，可以用来漱口，可以购买0.9%的生理盐水涂抹在口腔的创面，也可以用95%的乙醇来治疗，不过要在医师的指导下进行。
