通常来说，慢性肠炎肚子疼吃枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊、阿托品、山莨菪素等药。
慢性肠炎肚子疼可能是由于长期的炎症所致的肠神经受到了刺激导致的，可以口服枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊等调节肠道菌群的药物，还可以配合阿托品、山莨菪素等解痉镇痛类的药物。平时也要避免食用过多的生冷和辛辣的食品，避免对肠胃造成刺激，导致病情恶化。
孩子在小的时候，由于自身的调节还不完善，所以胃肠功能较差，建议可以给孩子增加有益的菌慢慢进行调理，一般可以调理过来，在平常饮食上多给孩子吃软的食物，不要吃不容易消化的刺激性的食物。
治疗小儿慢性肠炎看医生开药，吃药加调整饮食习惯，多吃一些蔬菜水果，避免吃一些零食以及生冷刺激的食物，平常要适当的锻炼身体，有助于改善症状。多给孩子做腹部热敷，腹部保暖。
小儿消化不良导致的，反复发作的餐后饱胀、早饱、厌食、嗳气、恶心、呕吐、上腹痛、上腹烧灼感或反酸为主要表现，而经各项检查排除器质性、系统性或代谢性疾病。饮食定时定量，给予易消化食物。
慢性肠炎是细菌，病毒，真菌或寄生虫引起的小肠和结肠的炎症。表现为腹痛，腹泻，稀水样便或粘液脓血便。小儿肠炎多因不洁东西所引起，故预防最要紧的是食物之清洁及保存安全。
通常情况下，细菌性的肠炎一般需要在医生的指导下吃抗菌消炎的药物。具体分析如下：
细菌性肠炎一般需要做好血液常规和粪便常规的检测，细菌性肠炎的粪便常规显示有白细胞、脓细胞、反复出现的腹痛、痢疾等，如果患者被确诊为细菌性结肠炎，可以服用诺氟沙星、左氧氟沙星等抗感染药物。可以口服蒙脱石散等抗菌消炎的治疗。
