可以采用保守性手术，如卵巢内膜囊肿巧克力液抽吸术，内膜囊肿剥除术或患侧卵巢切除术，以保留正常卵巢和生育功能。不过，经保守性手术后仍有可能复发。应坚持随访并争取尽早怀孕对40岁以上，年龄较大且无生育要求的妇女，可以切除全子宫以及一侧或双侧卵巢和输卵管。
巧克力囊肿早期可能会没有明显症状，如果囊肿进一步增大，可能会有痛经，腹痛症状。巧克力囊肿一旦确诊，建议手术治疗，如果直径较大，症状明显，可以先药物治疗缩小病灶，然后再在腹腔镜下手术治疗。
卵巢巧克力囊肿治疗费用在2000元-4000元。巧克力囊肿就是子宫内膜异位症引起的，对于巧克力囊肿的治疗，包括药物治疗和手术治疗，除了进行治疗的手术以外，其他的治疗方式都是有可能会复发的。巧克力囊肿的治疗费用，根据所处地区消费水平不同，就诊医院的级别和性质不同。
卵巢巧克力囊肿是一种疾病，具体分析如下：
卵巢巧克力囊肿是因为子宫内膜异位在卵巢深处，经血无法及时排出，从而滞留在卵巢中，形成了一个囊肿，这种囊肿一般都是巧克力糊状，也就是所谓的卵巢巧克力囊肿。卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位所致，会出现痛经、月经紊乱等情况，甚至会出现不孕的情况。卵巢巧克力囊肿的治疗方法有两种，一是保守治疗，二是手术，如果病情不是特别严重，可以口服激素类药物。
巧克力囊肿引起管腔闭塞、囊肿或粘连，均会妨碍精子、卵子或受精卵的运行，致使受精卵到达宫腔产生障碍而发生宫外孕。可以去专业正规的医院进行检查和治疗。日常饮食应以清淡食物为主，多食有营养的食物，如鸡蛋、豆腐、瘦肉等。忌食生、冷和刺激性的食物。
大约有3%的巧克力囊肿会发生破裂。这有可能是因为外伤性或者是自发性而导致。这一现象的发生通常会因为巧克力囊肿的直径达到五厘米以上，才有可能导致破裂，而直径小于三厘米以下的巧克力囊肿，一般对女性朋友的身体是不会造成太大的伤害。
