小孩发烧的时候进行灌肠治疗，主要的作用是进行退烧，不仅退烧的速度快，而且退热的持续时间也比较长，对于孩子的胃肠黏膜损伤也比较小。灌肠的时候，如果操作比较粗鲁，容易造成孩子直肠黏膜或者是肛门损伤，还有可能会感染。操作的时候要轻柔。
小儿发烧灌肠对于孩子的伤害，直肠内有它固定的生理环境，这样会造成直肠内的微环境的影响。如果长期或者多次用药物灌肠，会导致直肠黏膜、直肠的酸碱度，还有直肠壁的分泌吸收功能和生理环境发生改变，损伤肠道。其次是肠道内还有很多的细菌，很可能会随着灌肠液进入到肠道深处，造成污染，尤其是一些抗生素灌肠液，有可能会杀灭肠道内的有益菌群，造成体内菌群失调，继发感染而出现腹泻。小儿发烧灌肠危害很多，所以给小儿发烧灌肠，一定要特别注意要综合评估小儿的整体状况看是否可以耐受。遵循医嘱，尽可能的采用物理降温疗法，或者服用一些小儿退烧药物，尽量不采用灌肠的方式。
小儿用量与成年人的用药剂量差异很大，有的不是简单地由体重推算出来的，而是根据小儿的生理机能及其对药物的敏感性确定。用量过小可影响疗效，过大可能发生毒性反应，故家长不宜给小儿盲目用药；在医生的指导下用药治疗，一般是用小儿用药来治疗小孩发烧。
小儿发热时可以用退热栓，作用比较明显，通过肛门使用，可以减少药物对胃肠道的刺激，小儿发热时体温超过38.5度，应该考虑使用退热药物或者使用退热栓降温治疗，虽然退热栓较安全，但是使用退热栓同时，应该注意密切监测体温变化，不可过量使用。
一般孩子发烧，不建议灌肠降温，因为直肠有固定的生理环境，若多次使用药物灌肠，可能会破坏直肠的酸碱度从而损伤肠道，肠道内还有很多细菌可能会随着药物进入肠道深处，从而造成进一步的感染，同时药物也有可能杀灭肠道内的有益菌群，造成体内菌群失调。
