可采用中医治疗，用以抑制上皮细胞的继续分泌，如果西医的话，可以采取手术治疗，手术后很短时间内消除囊肿，但是囊肿还会反复。对于小的肾囊肿，无症状时不需要做任何治疗，但要定期复查，观察囊肿是否继续增大。一旦一侧肾实质广泛破坏，对侧肾功能正常者，可行肾切除术。
肾脏囊肿主要是根据囊肿的大小、部位、密度等来选择不同的治疗方法。肾脏囊肿大于四厘米，也有腰部胀痛等临床症状，可以选择微创手术来进行治疗，常见的微创手术是腹腔镜下肾囊肿去顶减压术。手术是在腰腹部打三个孔，然后使用显示器、操作杆，分别游离肾脏，找到肾脏囊肿，然后将肾囊肿切开，将囊肿里面的液体引流出来，可以改善肾囊肿导致的不适症状。
肾上囊肿是肾脏常见的良性肿瘤。可以手术治疗。多休息，不要熬夜，不能饮酒，不能操劳过度。饮食上以清淡为主，不能吃辛辣的东西。适当进行有氧运动，注意劳逸结合，要多喝水。
肾上有脓肿一般采用机械性治疗，依据脓肿的大小选择具体的治疗方法。如果脓肿较小，直径在4cm以内，却没有其他明显症状，可以不进行治疗，定期进行肾脏彩超检测，在脓肿增长后在考虑治疗方法。如果脓肿在4-8cm之间，需要进行穿刺注射硬化剂治疗。如果脓肿大于8cm会导致明显的压迫症状，出现腰部酸涨疼痛，应该进行肾囊肿去顶减压手术治疗。
大部分肾囊肿患者为单纯性肾囊肿，多无明显的临床症状，通常在体检过程中被发现，囊肿患者不需过于担心，这种囊肿对肾功能和周围组织影响不大，因此不需治疗，只要6个月到1年随诊即可。如果囊肿数量较多，如多囊肾，则最终会发展至慢性肾衰竭，需要引起足够的重视，延缓疾病的发展过程。
肾上长了个囊肿，首先应该看是多大。如果囊肿比较大，大于七厘米，需要给予治疗，通常采用穿刺打硬化剂或者开放性手术等治疗方法。如果囊肿比较小，小于四厘米，这个大小的囊肿一般没有什么压迫症状，而且囊肿是一种良性病变，恶变的发生率非常低，所以可以动态复查，每三个月到半年复查一次。
