骶骨囊肿的治疗方法一般包括保守治疗和手术治疗两种方式。对于症状较轻的患者一般采取保守治疗的措施，局部可以给予对症的软膏涂抹以减轻局部的疼痛，以改善局部的血液循环，从而减轻疼痛的症状，对于疼痛明显者可以口服消炎药。
患者囊肿有可能渐行性增加、渐行性增大。骶骨囊肿不治疗会对附近的神经根、甚至脊髓的末端以及骶骨等邻近结构形成压迫性冲击。可以造成骨质的吸收，可以造成神经根压迫，引起神经根性的疼痛。除此之外，还可能会引起大小便功能障碍，比如便秘、尿频、尿急，排尿困难，以及男性患者往往会发生性功能障碍。建议尽早去医院治疗，以免贻误病情，从而造成身体更大的伤害。
一般颌骨囊肿都会做外科手术，具体要看具体的部位和体积。
有的部位的囊肿不需要做外科手术，例如某些位于根尖的微小囊肿，一般都可以通过牙科的方法来彻底治愈。另外，也会出现在骨骼的中心，也会出现在下颌升支的部位，囊肿很大，一般情况下，可以采用的是打开的方式来处理，就是通过对囊肿进行开窗减压，使囊肿变成一个袋子，逐渐的收缩，拉张成骨，等体积变小，再做外科手术，这样的损伤相对来说是很轻的。
骨囊肿手术一般需要在麻醉下做。
四肢长骨干骺端可能会形成骨囊肿，造成局部病变，前期可能会没有明显症状，但是后期可能会导致疼痛。此时患者一般需要及时进行手术治疗，需要在麻醉下进行手术，在骨囊肿附近的皮肤表面进行切口，随后将骨囊肿璧切开，刮除囊肿，再进行植骨，同时需要在局部进行内固定或外固定，以促进愈合。手术后患者需要适当休息，避免剧烈运动。
舌骨囊肿一般指甲状舌骨囊肿，而甲状舌骨囊肿手术当天可以吃饭，但只能吃流食。
甲状舌骨囊肿是一种先天性囊肿，源于甲状舌管的残余上皮，可能是甲状舌管退化不全导致的，临床上一般以手术切除进行治疗为主，如果是局部麻醉，术后两小时可以进食流食；如果是在全麻下进行手术，术后六小时可以进食流食，而手术三天后可以进食半流质饮食，术后十天可以普通饮食。