保守治疗无效者可采用手术治疗，主要目的是缩小鼻腔、减少鼻腔通气量、降低鼻粘膜水分蒸发和减轻粘膜干燥和结痂形成。手术方法：鼻腔外侧壁内移加固定术；前鼻孔缩小术，两侧可分期进行，约1.5年鼻粘膜基本恢复正常后重新开放前鼻孔；医用人工生物陶瓷粘骨膜下埋藏术。
萎缩性鼻炎不能治疗好，萎缩性鼻炎尚无特效疗法，宜局部和全身综合治疗，局部治疗可用无菌温热生理盐水鼻腔冲洗脓痂，另外可以采取手术治疗，平时要适当的运动锻炼，增强体质，会对于身体恢复有帮助的。
严重者采用手术治疗的方法，目的是为了减小鼻腔空间体积和通气量，从而缓解黏膜干燥，常采用的手术方法有前鼻孔闭合术等，症状不太严重的患者用保守治疗的方法，每天冲洗鼻腔，用温热的盐水可起到清洁鼻腔的作用，促进鼻腔黏膜血液扩张以及循环。
萎缩性鼻炎的治疗，局部可以使用生理盐水冲洗鼻腔，以温生理盐水为主。如果有明显的臭味，可以使用抗菌类滴鼻液，抑制细菌的生长，减少炎症的糜烂，并且有利于上皮的生长。
萎缩性鼻炎一般是不会癌变的，萎缩性鼻炎在干燥的环境下会出现鼻痂，周围的黏膜会受到损伤，小血管就会出血，引起回缩性血鼻涕。萎缩性鼻炎在呼吸的时候气流会直接从鼻子到达气管的部位，会引起身体不适。
萎缩性鼻炎可能会癌变，萎缩性鼻炎是慢性的鼻腔慢性炎性疾病。病的特点是会导致鼻黏膜干燥、萎缩，鼻子里会有黄绿色脓痂形成。疾病与细菌感染，吸入有害气体或者手术不当有直接或者间接的关系。不但会对人体的嗅觉和呼吸有影响，还可能诱发各种炎症。