常见副作用是恶心，呕吐，头晕等症状，也可以见到肢体抖动，麻木等不适，还有可能影响到肝肾功能，另外有些人因为个体差异，可以出现过敏反应。另外，这种药物有可能影响到胎儿，属于妊娠期不宜用的药物，药物可以通过血乳屏障，所以哺乳期也需要慎用。
甲硝唑阴道栓是一种比较常见的药物，主要成分是甲硝唑，这种药物有一定的副作用，有些病人在使用之后会出现一些不良的症状。
有些病人因为自身的原因，会对药物中的某些成分产生过敏反应，在阴道用药时，会产生一些过敏的症状，如辛辣、胀痛感、烧灼感、灼热不适、外阴瘙痒等。
如出现无法忍受的不适，可在妇产科医师的指示下停药，并改变用药。非特异性阴道炎以及支原体感染、淋病奈瑟菌感染等疾病都有很好的效果。可以选择病人的阴道用药，主要是为了减轻病人出现的阴道瘙痒等不适。
奥硝唑对怀孕有没有影响从优生优育的角度考虑有影响的，不能要孩子用药时间恰好是在胚胎组织器官发育的关键时期，基本上是受孕满两周以后，到九周这阶段（相当于停经四周到十一周），这阶段是胚胎发育最关键的时期，也叫敏感期。如果要使用一些药物，尤其是药量比较大可能会导致畸形的发生增多。这是一个关键时期。
奥硝唑氯化钠注射液是一种用于抗厌氧菌感染的药物。在腹部感染，盆腔感染，口腔感染，脑部感染以及有败血症进行静脉注射。另外在胃肠手术后，如胃癌，结肠癌，阑尾炎的术后进行预防性抗炎治疗。对于奥硝唑过敏史，脑部脊髓病变，硬化症，造血功能低下，慢性酒精中毒的病人禁忌使用。本药常见的不良反应，有恶心呕吐，口腔有异味，头痛，眩晕等。
奥硝唑的副作用，轻度不良反应有嗜睡、头痛、胃肠不适，个别患者可见中枢神经系统障碍，如头痛、眩晕、震颤、强直、癫痫发作、运动失调、疲劳、意识短暂消失和周围神经病，还可有味觉障碍、肝功能异常和皮肤反应。
可以在妊娠16周内选用，但仅出于明确原因使用，如病原体引起的明显过早流产风险或严重损害。否则，药物可以在妊娠后期和中期使用，这容易导致儿童发育不良，并且这种药物容易导致儿童发育畸形。
