口腔溃疡的治疗以消除病因、增强体质、对症治疗为主，治疗方法应坚持全身治疗和局部治疗相结合，中西医治疗相结合，生理和心理治疗相结合。口腔溃疡常呈周期性发作，复发时间长短与口腔溃疡病史长短有密切关系。
口腔溃疡可以在医生的指导下服用抗炎药物可有效抑制细菌滋生。口腔溃疡是因为人体口腔表面细菌分布过多，导致舌体、口腔内部发生炎症反应引发口腔溃疡，可以多吃一些流食或者半流食，例如面条、面片、蔬菜粥。不过要注意吃的食物温度不能太高，以免烫伤口腔黏膜，加重溃疡的病情。
孕期口腔溃疡需要通过局部治疗、日常护理等方式来治疗。
怀孕期间有口腔溃疡需要进行局部的治疗，同时需要在口腔科或者妇科专家的帮助下进行局部的用药，避免自行服用，导致自身和胎儿都出现异常。可以用生理盐水，不会造成任何的伤害，可以用来漱口，可以购买0.9%的生理盐水涂抹在口腔的创面，也可以用95%的乙醇来治疗，不过要在医师的指导下进行。
可以用盐水漱口，局部用淡盐水棉棍清洗，然后用锡类散或者口腔溃疡散，拿棉花蘸涂到溃疡面上，1天涂2、3次，5天就好了。也可以用维生素B2碾成粉状撒到溃疡面上，还可以用黄连水煮的药水涂或者漱口，能够有效促进溃疡的痊愈。
口腔溃疡吃中药能好。出现有口腔溃疡，主要是缺乏维生素，和吃辣椒有很大的关系。要注意到口腔科去进行检查，避免引起病变，中药考虑治疗效果是不明显的，可以服用复合维生素来改善。一定注意生活规律，保持充足睡眠和良好情绪，避免辛辣刺激油腻生冷的食物。改变不良的饮食习惯，主要是补充一些多种维生素，配合应用一些中药进行调理，应用一些清热解毒和败火的中药等共同进行治疗，才有利于病情康复。
复发性口腔溃疡吃维生素b、c等进行治疗，可能好得快。
复发性口腔溃疡应以根除病源、强化体质、辨证论治。在临床上，应该采取综合疗法、局部疗法、中医疗法、生理学疗法和心理学疗法。吃维生素b、c可以增强身体的免疫力，促进胃粘膜的修复。如果疼痛明显，溃疡多，间隔时间较长，可以选择免疫调整的药物，比如左旋咪唑、转移因子、胸腺素等，还可以口服强的松。
