肛周脓肿和肛瘘是一样的，有一定的复发率，跟脓肿复杂程度有关系。临床上见到的比较简单的脓肿复发的几率是很小的，就像简单的肛瘘是一样的道理。越复杂的可能复发的几率就越高。
原则上讲切开的肛窦不会再次反复感染，但跟生活习惯是否规律，排便是否有规律，有形状有关。个人的免疫力低下，还有基础疾病，糖尿病、凝血机制不正常，长期口服激素的，还有贫血等。这些如果做的不恰当，容易复发。
如果是经过手术治疗之后复发了，那就得需要积极的进行治疗，防止这样的病症进一步的发展。可以选用一些抗菌消炎的药物进行治疗，也可以再加一些别的药物来联合进行服用治疗，合理饮食，均衡营养，饮食习惯上也要多注意少吃辛辣刺激性，过与油腻的食物，凉东西。平时注意保暖，避免感冒，加重病情。多喝水，少喝浓茶。
如果是单纯的肛周脓肿切开引流手术，往往由于没有处理内口或者内口难以处理，容易继发形成肛瘘，之后如果肛瘘外口发生堵塞，在引流不通畅的情况下，有可能再次发生肛周脓肿。如果肛周脓肿切开引流手术时，一期处理好内口，进行挂线手术，则可以大大降低复发的可能性。
如果是单纯的肛周脓肿切开引流手术，往往由于没有处理内口或者内口难以处理，容易继发形成肛瘘，之后如果肛瘘外口发生堵塞，在引流不通畅的情况下，有可能再次发生肛周脓肿。如果肛周脓肿切开引流手术时，一期处理好内口，进行挂线手术，则可以大大降低复发的可能性。
通过引流手术治疗肾周脓肿后，可能还会复发。
脓肿主要是由于细菌感染所致，身体其它地方出现了炎症，机体的免疫力较差，而病菌的毒性较大，所以如果出现了肾脏周边的炎症，就会出现肾脏周边的炎症。肾周脓肿有复发的可能性，早期进行抗感染处理，同时多用一些敏感的抗生素，这样可以迅速地缓解病情，如果病情没有得到很好的改善，可以进行肾周脓肿的再穿刺。
