一般情况下，小孩做脑CT和核磁共振有一定伤害，但是伤害较小。
小孩做脑CT，通常有一定的辐射损小孩的全身影响是比较小的，因为一次脑CT受到的辐射量通常是有限的，只要不是多次进行，一般不会造成较大的伤害。而核磁共振对于孩子的伤害则相对更小，因为核磁共振的成像一般和射线没有较为明显的关系，因次，也不会对小孩造成较为明显的辐射性损伤。
ct对人体的辐射，自然是最大的。ct是利用X光X线进行CT检查，然后通过电脑进行综合比较，得到的结果。一般的ct检查，相当于几次或几十次的x光照射，因此，如无特别需要，不宜频繁的ct。而核磁共振仪则是将人体内的电磁波信号收集起来，然后用影像来显示。目前还没有相关的医学记录来证明电磁对人体的伤害。
脑部CT和核磁共振相比较，肯定是CT有辐射，而核磁共振没有辐射。因为CT的检查原理是通过X射线来进行扫描，这个检查是有辐射，无论做什么部位都有射线。而核磁共振的检查原理是通过磁场来进行扫描，没有辐射。所以这两个检查的原理不一样，CT有辐射。
脑ct和核磁共振的区别，主要是这两种检查方法的原理是不同的。脑ct主要是通过x线的照射，通过人体不同部位，不同组织的吸收后，有探测器回收信息，然后通过一系列的数模转换，最后由电脑重建得出图像。核磁共振是利用人体内含有的大量水份，将水中的氢离子重新排列，分析不同组织内氢离子的不同排列形态，形成磁敏感成像。
脑部核磁共振没有电离辐射，对人体没有放射性的损害。其中脑部核磁共振是利用人体内氢质子，在磁场中产生共振信号来获得的图像。脑部的核磁共振对颅内的检查能够更精确，同时脑部核磁检查不会出现颅骨的伪影，也不需要造影剂，就能够清楚的显示头部冠状位、矢状位等图像。
脑部核磁共振检查没有明确的副作用，因为基本原理是探测人体组织内蕴藏量最丰富的氢离子，在磁共振过程中发出电磁波信号测出氢离子浓度及其驰豫时间，作为成像的参数。
