一般情况下，甲状腺囊肿为甲状腺结节内良性病变，若甲状腺囊肿未对周围血管、气管造成压迫，且没有对颈部外观造成影响，则可不予手术，但需要定期复查以观察。
对于已经形成了较大肿块的患者来说，应该选择保守治疗方案，如果甲状腺囊肿影响颈部外观，或出现压迫周围脏器等症状，通常可考虑手术治疗，如在彩超指引下经皮甲状腺囊肿内穿刺、拔出甲状腺囊肿内液体等。
甲状腺囊肿大多不会自行治愈。
甲状腺囊肿的形成原因有多种，但最主要的原因与碘代谢有一定的关系。由于长期缺碘、甲状腺滤泡潴留，这种情况补碘可能消失。另一种是结节性甲状腺肿的囊性病变。形成的原因是甲状腺局部血供不足，囊肿逐渐形成囊壁，该囊肿完全消失的可能性降低，可行射频消融术或手术切除治疗。甲状腺囊肿大部分都是良性的，出现了甲状腺囊肿，应该要进行甲状腺功能的检查。
甲状腺囊肿不一定需要手术，其治疗方案取决于结节是否多发、结节大小、结节边界是否完整、钙化与否等来定。
甲状腺囊性结节大部分由甲状腺结节或腺瘤退行性改变引起。囊肿内亦有血液微混悬液，与周围边界清晰，质地坚硬，一般无压痛，核素扫描为冷结节，少数患者可由先天性甲状腺舌骨囊肿或第四鳃裂残余引起。结节大于1厘米，单发，结节边界不完整，结节内伴泥沙样钙化，须警惕甲状腺癌，可细针穿刺细胞学检查治疗，必要时外科手术治疗。
甲状腺囊肿一般不可以自愈。
甲状腺囊肿能不能自行愈合，要看其有没有多发性，结节的尺寸，结节边缘有没有钙化。甲状腺囊肿也就是所谓的囊性结节，它主要是由于甲状腺肿结节或者腺瘤的退行性变性而形成，里面包含着血液或者是微混液体，与周边界限清晰，质地比较坚硬，没有任何压迫感，核素检查提示为冷结节。少部分病例是由先天性的舌骨或第四鳃裂症所引起。对于甲状腺囊性结节，要考虑有没有多发性，有没有肿块，有没有钙化，如果有囊性结节，可以进行定期的检查，一般不会自己消退。
一般来说，甲状腺囊肿能治好。
甲状腺囊肿是指在甲状腺中发现含有液体的囊状物。一般情况下，甲状腺囊肿属于良性病变，通常能治好。如果囊肿肿大不影响到颈部外观，或者压迫其他的器官和喉返神经，观察即可；如果特别大，影响美观，或造成身体不适，可以进行囊肿摘除术。
患者在日常生活中应当加强身体锻炼，注意保暖，饮食清淡，不吃刺激性食物多，吃富含钙质的食物，不要吃刺激和油腻的食物。
甲状腺囊肿切除后需要做病理检查的。因为甲状腺囊肿有部分存在恶变的可能性，所以要排除甲状腺癌的可能性。如果是甲状腺癌，需要进一步手术及化疗等治疗。病理检查是为了验证诊断，如果是囊肿可以不用继续治疗，如果不是囊肿而是腺瘤或者恶性肿瘤就需要手术后继续治疗。
