有可能是有呼吸道感染或是有支气管痉挛的，观察咳嗽时有没有痰，尤其有支气管炎或者是肺炎的可能性比较大，可以通过做相关检查进行确定，是否有发烧等症状。根据病情采取有效的药物治疗。有感染的情况下，需要及时的服抗生素消炎药。
一般情况下，婴儿鼻炎每天凌晨三点咳嗽几声可能是以下原因引起的。具体分析如下：
小儿的鼻炎在凌晨出现咳嗽，很有可能是因为婴幼儿的过敏性鼻炎。也有一些原因是因为婴幼儿的急性鼻炎，这是因为病毒感染所致的鼻粘膜的急性炎性病变，会出现发热、鼻塞、流鼻涕等情况。当鼻液逆向流入咽喉时，会对咽喉粘膜造成一定的刺激，会导致咳嗽等。宝宝早上出现剧烈的咳嗽，也是因为孩子的胃内容物倒灌到了咽喉，会对咽喉粘膜造成一定的刺激。
如果情况像孩子一样，那可能是由缺钙引起的。应该吃一些药物治疗。平时患者应该多喝牛奶，晒晒太阳，这对补钙有益。孩子们平时应该多喝水，少吃辛辣刺激的食物，这对治疗是有益的。
宝宝每天凌晨都会咳嗽是因为变异型哮喘导致的。在凌晨3点到5点迷走神经很容易发生兴奋现象，导致支气管平滑肌发生痉挛，从而引发咳嗽的出现，是由于存在气道高反应性所致，也就是气道高反应所致的咳嗽变异性的哮喘。
凌晨咳嗽有可能是由冷气刺激造成。如果是因为感冒引起的咳嗽，那么早晨起床后就会有冷空气进入气道或者是喉咙引起。最常见的是老慢支，也就是老人的支气管炎。其特征就是半夜咳嗽，因为慢性支气管炎一夜没睡，气道里面就会出现炎症，会分泌出分泌物。这种分泌物在半夜最多，而且还会有很多的唾液，在这种情况下，会引起更大的咳嗽。还有就是是支气管哮喘，咳嗽变异性哮喘的特征就是清晨咳嗽，这是由于清晨迷走神经的张力增加，导致气道收缩，导致咳嗽。
