扁平疣变成褐色可能是由扁平疣的病变、人体的免疫炎症反应等原因引起。
1、扁平疣的病变：扁平疣变成褐色可能是由扁平疣的病变引起的，扁平疣的病变会影响局部皮肤黑色素细胞的功能，导致黑色素生成增多，使扁平疣变成褐色。
2、人体的免疫炎症反应：扁平疣变成褐色可能是由人体的免疫炎症反应引起的，人体的免疫炎症反应刺激局部黑色素细胞，生成较多的黑色素，会导致扁平疣颜色加深，变成褐色。
扁平疣掉了留褐色印子可通过药物等方法进行治疗。如果想让棕色印早日消失，可以用维生素E或肝素钠凝胶擦拭患处，平时不要吃辛辣食物或不要吃酱油以及醋等深色素食物。如果想好的快点局部可以擦肝素钠凝胶或者维生素E促进局部血液循环，有利于恢复。
在生活当中也应当注意，不要过度的情绪激动，不要吃热性的食物，多吃蔬菜水果。
脸部扁平疣已经6年多了，现在变成了褐色的斑通常还需要治疗。具体分析如下：
扁平疣是由人乳头瘤病毒感染皮肤黏膜所引起的突出皮肤的物体，多发生在面部、手背及前臂等部位。脸部扁平疣已经6年多了，现在变成了褐色的斑说明疣体还未完全消退，所以患者是需要治疗的。脸部长扁平疣容易影响美观，患者可以遵医嘱使用鬼臼毒素软膏、氟尿嘧啶乳膏等药物进行治疗，也可以通过液氮冷冻进行治疗，利用液氮产生的低温破坏疣体，使其脱落，从而达到治疗的目的。一般可以长期维持。
治疗办法有，药物治疗，物理治疗，包括冷冻及激光治疗。激光、冷冻等，治疗方针，根据病情的严重程度选择适宜的治疗措施，控制症状，提高患者生活质量。若不及时治疗会累及更多的皮肤，也可能传染给家人朋友。扁平疣患者要多吃蔬菜、水果，补充多种维生素，这样对于扁平疣患者的皮肤较好。
常见的扁平疣治疗方法有外用药物治疗，物理治疗，对于其治疗，我们也是要很小心的，以免蔓延到皮肤的其他部位。扁平疣的治疗方法有很多，选择最适合自己的治疗方法。
治疗扁平疣使用激光治疗或者冷冻大概一颗是20元到100元左右，很多检查的仪器只有大医院才有，建议患者去专业的医院进行治疗，不建议去小诊所、不正规的机构进行治疗。