临床上引起男性阴茎短小的原因有，促性腺激素分泌不足的性腺功能减退、促性腺激素分泌过多的性腺功能减退、原发性小阴茎。对于前两种是可以通过激素调整的，但是对于激素调整不成功的，只能是通过外科手术了。
阴茎短小可以做延长手术治疗，手术是采用微创的技术将男性的阴茎延长3-5公分左右的效果，不会有任何副作用也是不影响正常的工作，术后不用住院，恢复也是比较快，局部麻醉手术几乎没有疼痛的感觉，术后做好消炎避免感染就可以。
遗传因素阴茎与身体其他器官一样,其大小及形态特点要受遗传基因的控制与影响。发育与营养状况一般来说,成年男性体格健壮,身材高大,其外生殖器包括阴茎、阴囊的发育也较好,阴茎可能较为粗大;反之,则可能相对小一些.但必须提醒的是,阴茎的大小并不与身高成正比例。肥胖男性肥胖是造成阴经短小的又一因素,一些耻骨联合部、会阴部脂肪丰满突出的男性,往往阴经发育欠佳,比起正常男性的阴茎会相对短小。其他患有睾丸炎、隐睾症、睾丸发育不全等症及内分泌不平衡,雄性激素不足,都可能造成阴茎短小。
测量阴茎的大小，注意阴茎勃起后的长度，直径和硬度，短阴茎的诊断不能轻易确定，临床上，有很多人认为的阴茎短小不是真的阴茎短小，是由于个体差异和其他因素造成的错觉。
阴茎短小，中医一般认为肾元不足。指成年男子阴茎短而细小如未成年状，不能进行正常的性行为，因而也就没有生育能力。可伴见性欲淡漠，毛发不泽，发育欠佳，体倦易疲，舌质谈白，脉沉细。
阴茎勃起超过13cm，就是正常的长度，如果勃起小于13cm，就是阴茎的短小。阴茎短小的病因，最常见的年轻人就是手淫和包皮过长导致。另外发育期性激素不足也可以导致阴茎短小。还有人是先天的，比如染色体的异常，也可以导致阴茎短小。如果年轻人是因为手淫、包皮过长导致，发育期一定要尽早割掉包皮，尽快彻底戒掉手淫，发育期还可以继续发育，一般阴茎会发育到18周岁左右。
