要进行全身抗炎治疗，建议口服头孢类抗生素，加甲硝唑类药物，可以控制炎症，局部消毒以后把脓肿切开引流。引出脓肿内的脓汁，这样可以明显缓解疼痛，还使得炎症得到进一步的控制。
主要是由于智齿冠周炎而导致的，由于颌骨的退化和牙齿退化不成比例，往往导致第三磨牙萌出位置不足而出现阻生，阻生的牙齿刺激周围的牙周组织产生炎症，称为智齿冠周炎。口服奥硝唑头孢和洛索洛芬钠改善缓解症状。
有脓液形成是可以用针刺破脓肿的。牙龈脓肿大多数是慢性牙周炎引起的，配合服用消炎药物进行治疗，要积极治疗牙周炎等原发性疾病，注意口腔卫生，清淡饮食，多吃蔬菜和水果。
任由肛瘘发展，会对括约肌造成严重损伤，甚至可能造成肛门失禁等并发症。肛瘘的多发会形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀胱瘘，危及周围脏器，并且多年未治或误治的老肛瘘有癌变的可能。肛瘘的多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来困难，而且也影响到肛门的生理功能。
肛周脓肿应该远离刺激性的食品和辛辣的食物，因为这些食物会导致肛周、直肠肛管的血管扩张，而不利于创面的愈合，也会导致瘢痕组织的增生。另外，刺激性的食物或者饮酒之后，也容易诱发药物的过敏反应不利于治疗。
