阴茎短小根本的原因是遗传基因的影响。另外包皮过长会阻碍阴茎的发育。后天性的阴茎短小，主要是因睾丸萎缩引起，青少年发育期间摄入的锌原素、雄性激素、维生素E和相关蛋白营养不足，缺乏后天能量补充，起不到壮大性器官的作用。
阴茎大小和个人体质遗传有关系，正常成人的阴茎在疲软状态下有7-9厘米，勃起以后大概就是11-16厘米。如果疲软状态下小于5厘米，而且勃起时小于10厘米，才能叫阴茎短小。作为大多数男性来讲，性成熟期是18周岁，基本发育就差不多了。
阴茎短小可以做阴茎延长增粗手术的，可减少压力，但要有手术的适应症。选择正规的医院进行阴茎延长增粗手术，术后效果较好。平时可做增长阴茎运动，每天自我锻炼，一手摁住茎根，一手捏住龟头往上拉，反复多次。
阴茎短小跟先天性的遗传因素直接的关系。如果想进行治疗，可以考虑通过手术的方法进行治疗。如果阴茎在勃起后大于10厘米是属于完全正常。还有就是体重的过度肥胖的病人。也可以造成阴茎短小的情况。
阴茎短小的治疗方法包括生理性阴茎短小，多见于耻骨联合部、会阴部脂肪较多的男性，可通过手术治疗，去除多余的脂肪，使阴茎得以延长至正常长度，病理性阴茎短小，染色体异常、克氏综合征、卡尔曼综合征导致的阴茎短小，应及时就诊，明确病因，对症治疗。
