外阴部检查查看阴道黏膜表面是否光滑，质地是否正常，有无出血点，阴道分泌物的性状及气味是否正常。白带常规检查是否有妇科疾病，如患有性传播疾病，先彻底治疗，然后再怀孕，否则会引起流产，早产等危险。宫颈检查确定女性是否患有宫颈炎症，宫颈糜烂和赘生物等，子宫及附件检查查看女性是否会患有子宫肌瘤，卵巢肿瘤，子宫内膜异位症，盆腔炎等妇科疾病。
进行肛门检查，首先应当选择合适的体位，可选择膝胸位、截石位、弯腰俯卧位，有时也可以采取左侧卧位，选择合适的体位，对检查疾病有很大的帮助。首先应当进行肛门视诊，观察肛门的位置是否有异位变形等。然后观察肛门周围的皮肤及颜色，是否存在着红斑、糜烂、渗出，是否有肿物。
由于人群不同，生殖系统感染做的检查也不同。
在女性中，主要是做白带检查、妇科超声检查、宫颈刮片等三项检查。若女性阴道内有大量的白带和分泌物，可直接使用显微镜检查，观察是否有细菌和真菌。检查子宫、附件及盆腔积液时，可用于妇科彩超检查，男性则做精液检查。
检查卵巢该做性激素六项检查、超声检查等。
卵巢有器质性和功能性两种类型。卵巢有没有囊肿和肿瘤，需要通过超声波来判断卵巢的形态和有没有长物。要想了解卵巢的机能，了解体内的荷尔蒙水平，需要进行血液检测，以了解性荷尔蒙六项目，以及卵巢的机能。卵巢是分泌激素、分泌卵泡、分泌卵泡的组织，需要通过血液检查，检查雌激素、孕激素、雄激素等激素的含量，来判断卵巢的机能。
泌尿系统由肾脏、输尿管、膀胱、尿道及有关的血管、神经组成。主要功能是生成和排泄尿液。其常规检查有尿液常规检查。细菌培养和菌落计数。尿生化检查。影像学检查包括超声为泌尿系统检查首选项目。尿路平片和静脉尿路造影。膀胱或尿道造影。CT或磁共振水成像。
生殖科由男性生殖和女性生殖两部分组成。
男性生殖科既可对男性进行性功能检查，也可对精液进行检测，以了解有无男性不育的情况。
女性的检查项目就比较多，包括输卵管情况检查、卵巢功能检查排卵检查等，并对综合因素进行考察。
不孕症的发生受到多种因素的制约，因此，在生殖科应进行细致的检查，明确不孕的原因。
