口腔溃疡的治疗以消除病因、增强体质、对症治疗为主，治疗方法应坚持全身治疗和局部治疗相结合，中西医治疗相结合，生理和心理治疗相结合。口腔溃疡常呈周期性发作，复发时间长短与口腔溃疡病史长短有密切关系。
可以适当的补充维生素和微量元素锌，同时服用药物治疗。注意清淡饮食，避免辛辣刺激食物和油腻饮食。这期间注意保持口腔清洁，常用淡盐水漱口，生活起居有规律，保证充足的睡眠。
维生素的缺乏，病人比较挑食，不喜欢吃水果蔬菜，很容易诱发复发性口腔溃疡。还有免疫系统问题，如果病人本身患有自身免疫系统类的疾病，也容易引起复发性口腔溃疡。或者病人的精神因素，如果经常处于精神紧张的状态，或者学习很辛苦，没有得到适当的休息，没有良好的睡眠，也容易引起口腔溃疡。
经常口腔溃疡，可能的病因包括饮食刺激，比方说喜欢吃辛辣刺激性食物，或者说是维生素以及微量元素的缺乏，以及作息不规律，免疫功能低下创伤，精神因素，遗传因素等都是有关系。主要的治疗方式是尽量预防，减少发作频次，发作期间，止痛，促进愈合。
可能是创伤、精神紧张、食物刺激、药物刺激、营养不良、激素水平改变及维生素或微量元素缺乏导致口腔溃疡的原因。还有一些系统性的病：遗传、免疫及微生物在口腔溃疡的发生都有影响。都可降低免疫功能，增加口腔溃疡发病的可能性。
采用免疫力的药物调节免疫力。如果是针对溃疡本身，要减轻疼痛，促进愈合，可以考虑消炎药的应用、漱口水漱口，或者局部应用重组牛碱性成纤维细胞生长因子凝胶，进行溃疡面的涂膜，促进溃疡的愈合。反复出现口腔溃疡，有时候可能治疗起来并不容易，很难能够根治。