川崎病如果治疗不当，可能会有后遗症，其中包括心血管系统并发症或者是休克、巨噬细胞活化综合征，也有可能出现其他并发症，其中冠状动脉并发症发生率高，冠状动脉方面的后遗症最常见的就是动脉扩张和冠状动脉瘤。
川崎病的后遗症有，心血管系统并发症或者是休克、巨噬细胞活化综合征，也有可能出现其他并发症，其中冠状动脉并发症发生率高，冠状动脉方面的后遗症最常见的就是动脉扩张和冠状动脉瘤。
川崎病可能会有暂时性冠状动脉病变，也就是出现川崎病的后遗症。其中约70%的冠状动脉扩张可以自行恢复，约1%的患儿会发生永久性冠状动脉病变，巨大的冠状动脉瘤常发生狭窄。如遇此种情况，需要采取心脏介入或者外科手术治疗。因此，一旦确诊川崎病，在急性期需积极治疗，以最大限度减轻川崎病后遗症的发生率。
川崎病是一种自限性的疾病，大部分病人的预后都很好。
一般只有1%-2%的儿童会发生川崎病的复发，而那些没有发生管状动脉病变的孩子，一般会在1个月、3个月、6个月、1-2年进行一次全面的身体检查，包括身体检查、心电图、超声心动图等。如果没有得到有效的治疗，约15%-25%的儿童会患上冠状动脉瘤，因此，应该在6-12个月内进行长时间的跟踪。冠状动脉瘤在发病后2年内会自行消失，但仍会出现血管壁增厚、弹性减退等功能障碍。较大的动脉瘤往往难以完全消退，经常会造成血栓和官腔狭窄。
川崎病严重。川崎病又称为小儿皮肤粘膜淋巴结综合症，是一种以全身血管炎为主要病变的急性发热出疹性小儿疾病。高发年龄为五岁以下的婴幼儿，男性多于女性，成人及三个月以下的小儿少见。临床表现可有发热、皮疹、颈部非化脓性淋巴结肿大、眼结膜充血、口腔黏膜弥漫充血、杨梅舌、掌跖红斑、手足硬性水肿等。
川崎病即黏膜皮肤淋巴结综合征，1967年日本的川崎富首先报道。
黏膜皮肤淋巴结综合征亚裔人发病率高，病因不明。流行病学研究有多种病原，如立克次体、葡萄球菌、链球菌和其他病毒感染，支原体感染也可能一个原因，这些原因没有被证实。免疫力下降容易导致感染，如细菌感染、病毒感染、支原体感染等。黏膜皮肤淋巴结综合征主要和免疫功能相关，免疫力低的孩子容易感染。
