无论是高位还是中位闭锁都需要进行手术治疗，这也是治疗的唯一途径，术后如果排便功能正常就代表手术成功。为了保证安全与效果，术后注意卫生，预防感染，注意规律、合理、清淡饮食，多吃水果和蔬菜，忌食辛辣、刺激、油腻、生冷的食物。增强体育锻炼，提升自己的免疫力。
可以根据直肠盲端距肛门皮肤的距离，采取不同的手术方式，如果直肠盲端距肛门皮肤1.5cm以下，可以进行一次性肛门成形术。或尾路肛门成形术，腹腔镜肛门成形术，会阴肛门成形，骶会阴肛门成形，腹会阴肛门成形术等。根据类型选择不同的手术方法。
对先天性肛门闭锁的治疗，均以手术为主。手术有腹会阴肛门成形，腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术，或低位锁肛：常规消毒，不用局麻也可，只要将会阴部皮肤切开，稍加分离，然后进行扩张，就可以治愈。肛门闭锁的患儿没有排便反射，需要术后不断训练，养成良好的排便习惯。
治疗肛门闭锁的费用是1万-3万元。一般治疗的方法有尾路肛门成形术，腹腔镜肛门成形术，会阴肛门成形，骶会阴肛门成形等，是根据类型选择不同的手术方法。所以费用是不同的。
一般是可以治疗好的。通常都是采用手术治疗。方法有腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术，腹腔镜肛门成形术，骶会阴肛门成形，腹会阴肛门成形，或会阴肛门成形：在会阴中央或可激发环形收缩区的中间,做X形切口，长约1.5cm，切开皮肤，翻开4个皮瓣，其下方可见环形外括约肌纤维。
腹腔镜微创技术：应用于小儿肛门闭锁手术，可以避免瘘管残留及处理瘘管时留下金属碳夹。或腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术，腹腔镜肛门成形术。根据病情选择不同的方法。
