3个月宝宝腹泻可遵医嘱口服肠道益生菌、蒙脱石散治疗。
3个月宝宝腹泻与肠道菌群失衡有关，调节肠道菌群失常，家长可以在医生指导下给宝宝口服肠道益生菌。口服益生菌能够提高肠道抵抗力，增加肠道中有益菌的存在，促进肠道功能恢复，缓解腹泻，提高宝宝的免疫力。
腹泻比较严重的患者适当服用蒙脱石散，可以吸附肠道中的病毒和细菌，改善肠道细胞的吸收和分泌功能。
宝宝拉肚子拉水，主要是因为饮食不合理，或是消化不良，要根据宝宝的具体情况来进行治疗。哺乳期间要注意饮食，不要吃生冷的食物，以免孩子吃完母乳后会拉肚子。如果孩子吃的是奶粉，应该检查一下有没有对牛奶蛋白过敏，不过敏的情况下可以吃腹泻的奶粉。补充辅食的孩子要注意，可以暂停两天的辅食。等孩子的身体状况好了，就可以吃一些辅食了。
检查化验大便是因为消化不良还是因为肠炎，同时在此期间要多喝温水，不吃凉的不易消化的东西，顺时针给按摩肚子，促进肠胃蠕动，可以很好的缓解腹胀的现象。同时母乳喂养的宝宝也要注意妈妈的饮食。
婴儿出现腹泻，要确定是生理性腹泻还是病理性腹泻，可以先做一个大便常规检查，确定一下大便中有没有白细胞的情况，如果有白细胞的话，还是考虑细菌感染引起来的病，理性腹泻，必须要口服止泻的药物对症治疗，如果是由于宝宝的胃肠功能还没有发育完全导致的，必须要口服双歧杆菌。
可能需要注意孩子出现的状况有感染性腹泻，此类疾病常常由于病毒或者细菌继发出现，临床病毒性腹泻的早期可能会表现有轻度感冒的症状，临床疾病一般以水样便为主，孩子的精神状况往往很好。
婴儿腹泻（也称消化不良），是由不同病因引起的。主要发生在2岁以下的婴儿，急性可分二型。轻型腹泻：每天数次至十余次，粪便呈蛋花汤样，偶有溢乳及呕吐，轻微腹胀等；重型腹泻：每天十次以上，多达数十次，水样便，呕吐，发热、面色发灰，烦躁不安，甚则昏迷、惊厥，并有失水、电解质紊乱等症状。
