房颤引起脑血栓可以通过一般治疗、药物治疗等方式进行治疗。
房颤导致脑血栓形成，说明通常为血栓是由于左心耳脱落所致，若为脑血栓急性形成期，可考虑溶栓治疗，及抗凝治疗，只要及时处理，并辅之以增强脑神经功能药物，恢复情况总体较为理想。对于已经发生或可能会产生大范围栓子沉积在左心耳处，需要手术切除病灶的病例，建议首选外科手术方式，避免再一次栓塞性并发症的发生。如有脑血栓形成，应警惕房颤患者左心耳又有血栓可能，此时应长期口服抗凝药治疗，以防止心耳内血栓，可选华法林、达比加群等，口服药，如利伐沙班，防止血栓形成。另外还需要注意避免服用阿司匹林，因为它容易诱发脑出血和脑梗死。
抽搐是脑血栓形成后引起的继发性癫痫的临床症状，脑梗塞后遗症可以长期使用（但要注意出血），如果有脑梗塞后癫痫可以给予抗癫痫药物，建议平时要积极控制引发脑梗塞的危险饮食如高血压，糖尿病，高脂血症，高同行半胱氨酸，抽烟，饮酒，少动，血液黏稠等。
脑血栓复发可以通过药物治疗、生活护理等方式进行改善。
脑血栓属于极易反复发作的病症，脑血栓形成者通常有动脉粥样硬化等基础疾病，并且动脉粥样硬化通常难以彻底根治。所以说一旦患上了动脉粥样硬化，就无法恢复到正常水平，这对于患者来说十分危险，也对社会造成一定影响。动脉粥样硬化者，只能通过施加药物以控制动脉粥样硬化发生发展。如果在用药期间发生了严重并发症就必须要停止治疗并对其采取积极有效的预防措施，防止病情继续恶化。部分脑血栓形成病人未得到科学规范治疗或病人盲目停药等，脑血栓反复发作的可能性很大，因而存在肢体运动障碍的潜在危险、肢体感觉不正常，有口眼歪斜或言语障碍等。这类病人还是要及时去医院做相关的检查，才能清楚确诊。如果是急性心肌梗死和心力衰竭的患者在发生脑梗死后需要立即给予溶栓以及其他对症处理。此外，脑血栓反复发作者，需施以一定抗凝、采用抗血小板等药物治疗，如用低分子肝素钙或阿司匹林治疗。如果是急性心肌梗死的患者需要使用溶栓疗法对其进行救治。此外，部分脑水肿病人需使用脱水利尿等药物治疗，缓解脑水肿、降低颅内压。
脑血栓可以进行溶栓治疗或者使用抗凝药物治疗，溶栓时间必须是在六个小时之内。如果症状严重，梗塞面积大，可以进行开颅减压手术治疗。如果留下神经的并发症或者后遗症，可以采取康复治疗。
脑血栓出现突然抽搐，需要明确脑血管疾病是否有复发的可能性。应该多加注意。结合既往的脑血管疾病和脑血管成像检查，和当时症状的特点，是否有头晕和意识丧失。结合治疗。
