如果是单发的肾结石，没有在肾盏，可以先选择体外碎石。如果结石是多发的，体外碎石就不行了，可以先做输尿管镜碎石取石术。如果位置不适合做输尿管镜，就需要做经皮肾镜碎石取石术。选择手术方式，是要看具体结石在什么位置还有多少结石的。
双肾结石可以通过喝水、药物、手术等方式进行治疗。
对于结石较小，且没有尿道阻塞或感染的患者，保守治疗是首选的。如果是6mm以下的结石，可以通过多饮水来调节饮食。病因治疗：病因明确的肾结石要从根本上解决，比如：甲状腺功能亢进要把肿瘤切除，阻塞要清除梗阻，炎症性结石要彻底清除感染，要对症进行镇痛解痉、利尿排石，同时还要注意防止感染。体外震波疗法是指通过碣石附近的冲击波引起的一系列物理作用，对直径小于1cm的结石进行治疗。如果不能用药物来减轻疼痛，或结石的直径很大，可以通过外科手术来取出结石，或将其粉碎为细小的颗粒。
海绵肾双肾结石可以通过以下方式治疗，具体分析如下：
1.可以采用体外冲击波碎石治疗，这种方法是无创的，在治疗之后，要用体外冲击波碎石，同时还要多喝水，观察结石的排泄。
2、输尿管软镜碎石清石是一种非常有效的方法，它是一种可以通过软镜从输尿管进入肾内的方法。但如果是较小的结石，或是隐藏在肾盏中的小结石，就不能治疗了。
双肾结石伴右肾积水，主要是由于输尿管有结石，从而导致肾脏出现肿大，出现输尿管梗阻的时候，一定要把结石技巧的排出体外，适用于一些其实比较小的，如果就是比较大的，在平时需要通过手术或者通过一些微创方法来进行治疗。
治疗双肾结石，必须要确定结石的数量和大小，如果是结石很大或者数量很多，必须要通过进一步的手术来治疗。如果结石不是很大，数量很少，可以通过口服一些中成药进行排石。另外，饮食要清淡点。
最重要的看患者的肾功能，如果肾功能还好，可以通过碎石，进行钬激光碎石，还有一些超声碎石经皮肾经的取石来做治疗，目前大家都知道可以微创技术，所以经皮肾的微创技术取石，现在是一种比较常见的手术方式。