一般来说，儿童胰腺功能不全并中性粒细胞减少症综合征的治疗方法有药物、手术等。
儿童胰腺功能不全并中性粒细胞减少症综合征主要是对症治疗为主，如果有骨骼发育畸形的情况，可以进行手术。患者可以遵医嘱口服外源性胰酶制剂、脂溶性维生素A等药物改善消化功能和营养状态。如果是间断或持续性中性粒细胞减少的患者,，可以遵医嘱使用粒细胞集落刺激因子(G-CSF)治疗。如果是儿童胰腺功能不全并中性粒细胞减少症综合征伴有骨骼发育畸形，可以遵医嘱进行手术治疗。
中性粒细胞减少症可以口服一些升高白细胞的药物。如果中性粒细胞严重减少，病人出现了发烧等感染的症状，就需要住院诊断，应用粒细胞集落刺激因子升高白细胞，同时做血培养和药敏试验，根据血培养结果和药敏试验结果，给予敏感的抗菌药物治疗。
中性粒细胞减少症指的是外周血中性粒细胞低引起的疾病，多是因粒细胞生成减少或破坏增多引起。可分为先天性中性粒细胞减少症和继发性中性粒细胞减少症，先天性多为遗传因素引起，继发性与药物、感染及其他原因有关，如免疫抑制剂、抗肿瘤药物等引起的粒细胞较少，病毒感染引起粒细胞减少及脾功能亢进引起粒细胞减少等。
目前这是血液测试的结果，其中白细胞和中性粒细胞的数量减少。可以认为免疫功能受损，特别是免疫力下降，容易出现类似的疾病表现。另一个方面是考虑降低对疾病的抵抗力。换句话说，当一些细菌感染严重时，白细胞和中性粒细胞的数量也会减少。
针对轻度的粒细胞减少，可能在服用升白细胞治疗的药物以及应用的药物，代谢周期结束之后是有可能会自愈的。但是针对粒细胞缺乏症，中性粒细胞小于0.5×10^9/L的时候，基本上是不能自愈的，可以出现重度感染的情况。
白细胞减少和中性粒细胞减少症可以恢复。中性粒细胞减少，人体的免疫功能就会下降，白细胞减少症是指外周血白细胞数持续低于参考值低限，对可疑的药物或其他致病因素，应立即停止接触，感染防治，给予抗生素治疗。
