多数先天性肾积水经过适当的治疗，是存在治愈的情况的。
先天性肾积水属于先天性发育不正常，需要积极配合手术治疗，是有机会治疗痊愈的。肾积水是由于泌尿系统阻塞导致肾盂和肾盏扩张，尿液潴留。由于肾内尿液积聚，压力升高，肾盂及肾盏扩大，肾实质萎缩。肾盂输尿管交界处梗阻是肾积水的主要原因。建议日常家长多以清淡饮食为主，通过母乳喂养的婴儿可以有效帮助病情的恢复，避免食用过于刺激的食物。
治疗主要得根据输尿管狭窄段的长短，以及狭窄的病因来治疗。如果输尿管的狭窄段很短，不超过2cm，比如肾盂输尿管连接部先天性狭窄，或者输尿管的膀胱入口处，因为各种原因导致的狭窄，狭窄段如果不超过2cm，可以进行腹腔镜下微创手术。
已经诊断为先天性轻度肾积水。由于是先天性的因素，所以考虑先天性的输尿管狭窄的可能性较大。可以进一步行尿路造影检查，明确诊断。也可以通过外科手术的方法进行治疗，切除狭窄的输尿管段。
先天性肾积水不能自愈。一侧肾积水，另一侧肾功能会明显变强，能满足机体需要，如果双侧先天性肾积水，血肌酐明显升高，要进行输尿管的支架术或者输尿管的手术，改善输尿管狭窄，防止肾功能受损。
轻度的肾积水不需要特别治疗，通常来说会被身体自我吸收的。但是如果是中度或者是重度的肾积水，要引起重视，找出原因，积极控制的，因为症状加重会影响到肾功能情况的。
发现儿童轻度肾积水，需长期密切观察，定期进行超声检查，根据肾积水变化，决定治疗方案，如3-6个月一次，若肾盂无明显变化，可改为至少一年一次，多数患者恢复良好。部分患儿肾积水可随生长发育逐渐加重，必要时可进行手术干预治疗，如超声检查轻度肾积水，由5mm、1cm肾盂扩张逐渐变成2.0cm以上，肾皮质薄、肾盂张力高，此时需手术治疗。
