子宫内膜异位瘤一旦形成，其异位的程度很可能已达中度以上，若再加上卵巢外侧黏连，则很容易变为重度异位症。其治疗主要以开刀切除囊肿为主，药物为辅；抽吸（配合超音波进行）囊肿只能减少囊肿直径，是为了提高手术或药物的效果，并不能作为主要疗法。
有卵巢巧克力囊肿是一种妇科内分泌疾病，表现为月经周期不规律、不孕、多毛或痤疮，应该积极进行锻炼，多喝热水，减少高脂肪、高糖食物的摄取，降低体重，促使雄激素水平下降。
三种治疗方法可以对付卵巢囊肿。传统手术，会带来一定创伤，囊肿容易破裂引起复发；腹腔镜手术，有较好疗效，手术费用不菲，但术中囊肿易剥破，导致盆腔黏连、化学性腹膜炎等；经阴道超声介入手术，微创诊疗技术，定位准确，不伤其他组织，复发率低，不影响生育。
巧克力囊肿并不能抽调。巧克力囊肿是子宫内膜异位症，异位到卵巢上的一种表现。治疗卵巢巧克力囊肿，可以选择药物治疗或者是手术治疗，药物治疗适用于有慢性盆腔痛，经期痛症状明显，并且有生育要求较大的卵巢囊肿的人。
巧克力囊肿手术之后要注意，定期复查肝功能，生活上要注意的，就是好好休息一个月，一个月内不能性生活，不能盆浴，不能游泳。生活上还需要注意的就是不要吃冷冻的食物，不要抽烟喝酒。
巧克力囊肿可以采用手术治疗，手术可较为彻底地清除囊肿，而且通过手术的方式还可以有效的缓解痛经，提高生活质量，对于有不孕症的病人，手术后妊娠率能够得以提高。另外也可以采用中药治疗。