如果已经确定乙肝，建议在医生的指导下进行抗病毒治疗，但是孩子的母亲也不能排除乙肝的可能，如果确定乙肝，进行对症治疗，平时注意饮食清淡，避免进食辛辣，避免劳累。
新生儿接种乙肝疫苗需要在第一天接种第一针，第二针在30天内打第二针，180天打第三针。
现在普遍认为三次乙肝疫苗能够促进人体的免疫，从而降低乙肝病毒的感染几率，降低母亲的垂直传播的危险。不过，接种了乙型肝炎疫苗并不意味着就能得到保护的抗体，而保护性抗体的生成与自身的免疫力有关，因此需要在一周岁左右做一次血液检测，检测到乙肝两对半，以确定是否得到了保护的抗体，如果乙肝表面抗体为阴性则需要进一步接种。
乙肝疫苗第2针一般在满月后接种，但是如果孩子有异常情况，比如发热，黄疸，流涕，咳嗽，腹泻等症状时，是不能接种疫苗的，因为会使病情加重，对孩子的身体健康造成损害，此时应该延期，积极治疗疾病，直到病情完全恢复时进行接种。
母婴传播的乙肝很难治疗，可能部分婴儿自身抵抗会阴转但是概率极低，目前对于婴儿感染乙肝也不需要治疗，在24小时内如果打了乙肝免疫球蛋白，还是有可能恢复的，新生儿发现患有乙肝还是要及时去医院治疗的。
新生儿接种乙肝疫苗的时间为出生后24小时内接种第一次，然后分别在1月龄、6月龄的时候再次接种，共3次。乙肝疫苗接种同样有一定的禁忌证，如携带乙肝病毒、对疫苗的成分过敏、患有神经系统疾病、重度营养不良、先天性免疫功能缺陷、正在使用免疫抑制剂等人群禁止接种乙肝疫苗。
新生儿的乙肝免疫球蛋白最好是在出生的时候就注射。
新生儿对乙肝病毒没有免疫力，需要主动免疫和被动免疫，乙肝免疫球蛋白是被动免疫，而乙肝疫苗是主动免疫。如果母体HBV-DNA、HBsAg、HBeAg均为阳性，则必须同时使用两种药物进行新生儿免疫。新生儿的HBV免疫球蛋白必须在出生后12个小时内立即进行。
