口腔溃疡的治疗以消除病因、增强体质、对症治疗为主，治疗方法应坚持全身治疗和局部治疗相结合，中西医治疗相结合，生理和心理治疗相结合。口腔溃疡常呈周期性发作，复发时间长短与口腔溃疡病史长短有密切关系。
习惯性口腔溃疡原因是工作劳累、精神紧张、情绪波动、神经功能紊乱等也会让口腔溃疡反复出现，有些女性每到经期或月经前后就会出现口腔溃疡，自愈或治好以后下月行经时依然会出现，疼痛难忍。主要是体内黄体酮水平增高而雌激素水平降低所致。
用消毒棉签蘸粉末敷患处，一般用药3天后恢复，将维生素C研成粉末状，若系小溃疡，仅需取少许敷于患处即可，若溃疡面较大，则应先轻轻刮除溃疡面渗出物，然后再敷药粉，用针刺破维生素E，将药液挤出涂于口腔溃疡处，保留1分钟，每日用药4次可恢复。
预防口腔溃疡的主要的方法是科学的因素和多吃蔬果等，适当的补充维生素，才能避免复发的，平时少吃上火的东西，建议平时避免粗糙过烫食物对黏膜的刺激，营养均衡，饮食清淡，保持有规律的进餐习惯。
口腔溃疡严重的可能会影响身体其他免疫功能，甚至整个身体的免疫功能，口腔溃疡应该早期进行治疗，口腔溃疡饮食多以清淡为主，多吃流质食物，忌食辛辣刺激性食物，以免加重病症。
复发性口腔溃疡主要是由于肝郁气滞，郁热化火，心火炽盛，胃火上攻而发病。与遗传、免疫、系统性疾病如胃溃疡、结肠炎、消化不良、精神因素有关。平常应该注意保持口腔清洁，常用淡盐水漱口。
