慢性化脓性骨髓炎最好的治疗方法是服用中药配制的专治骨髓炎的丸剂。药物作用原理是活血化瘀，杀菌排毒，腐生肌。患者在使用该药物后，小块的死骨会自己排出，患者不需要截肢，患处是从里往外恢复的，疮口是最后愈合的。此疗法的优点是，病人无服汤药之苦，不用住院费用低，愈后不复发。不足之处是一位病人需要几个月才能治愈。
慢性化脓性骨髓炎主要通过病史、特征、检查等手段进行诊治。其中特征是最简单的诊治方法，只需观察患者是否出现局部肢体长期肿胀、溃疡、皮肤暗淡等症状，如若出现此症状，则可以判断患有此疾病。另外，也可以通过观察患者是否有外伤或者骨折等病史。此外，还可以借助专业设备进行检查，如：拍摄X线片，通过X片可以检查是否形成死骨。
慢性化脓性骨髓炎x线的表现有以下几方面：
慢性化脓性骨髓炎在早期的时候，影像学表现并没有明显的改变，只是局部的骨骼会出现密度增高，在密度增高区间有的时候会出现低密度点、低密度灶，中间可能会有少量的死骨。随着慢性骨髓炎反复的发作之后，骨骼会出现严重的畸形，全骨会出现密度的增高，相邻的病灶部位可能会有多个密度减低区，也是形成多块的死骨。当死骨非常巨大，可能会形成病理性骨折的X线表现。
慢性化脓性骨髓炎，治疗应该分阶段性的治疗，先应用抗生素，必要时切开减压，就是把骨髓内的脓腔打开，引流脓液清除死骨，然后直管冲洗等待炎症控制以后，在取骨头来进行植骨。植骨的目的就是恢复骨质的连续性，尽量避免因为骨质缺损而引起的远区的功能障碍或者是骨折，治疗时间通常都比较长。
慢性化脓性骨髓炎的治疗方法主要包括中医治疗和西医治疗两大类。中医治疗主要是内服中药、外敷中药膏，虽然治疗有一定的效果，不过需要患者长期坚持，而且容易反复发作。西医治疗是在患处切开一个口子，把里面的脓液排出来，然后清洗伤口，进行消炎包扎。如果病情已经非常严重，影响到了身体其他正常器官，是需要做截肢手术的。
患颈椎慢性化脓性骨髓炎可以通过抗感染等方法治疗。颈椎慢性化脓性骨髓炎的治疗比较困难，主要是由于在初期出现了骨髓炎，如果不及时治疗，或者治疗方法不当，病情扩散，引起的慢性化脓性骨髓炎。在进行抗感染的同时，还可以进行脓液培养和使用敏感的抗生素。在治疗过程中要注意避免患肢制动，在日常生活中要多吃高质量的蛋白质，以达到补充能量效果，还要继续清洗被感染的地方。