对于患有舌粘液囊肿(即舌下囊肿)的治疗，需要内部治疗和外部治疗。可以考虑使用中药来完成疾病的控制和治疗。目前，我国已有成功的病例，可以放心使用。一些处方与一些中药方法结合使用一般可以很快消除。
颚下腺囊肿是属于良性的病变，通过保守治疗是无法消除的。如果囊肿非常小，对于身体健康并没有什么影响，也不需要做特殊的治疗，平时继续观察就可以。如果囊肿比较大，那可以通过穿刺抽液处理。如果反复出现复发，可以通过手术切除，其没有什么有效的治疗方法。
发现婴儿身体某个地方有囊肿，不要紧张，先观察，密切关注囊肿的体积是否有增大，颜色这些是否有变化，如果看着囊肿不断增大，或者有颜色的变化，需要及时处理。但一般婴儿囊肿是可以自愈的，平时等宝宝睡着了，可以轻轻做局部按摩，或者热敷等，囊肿不会发生病变。
位于尿道口囊肿，也称为龟头腺囊肿。多位于尿道外口或者包皮的系带处，囊肿里面还有透明的胶冻样的或者使用的液体，一般没有明显的症状。较大的囊肿可能会影响排尿，甚至会继发感染。保持有规律的生活习惯，注意休息，避免劳累。
唾液腺囊肿长大后会引起局部异物感。感染后会有明显疼痛。这一类囊肿的出现在医疗手段上一般都采取手术，效果比较好。药物治疗也比较多，可以采取一些硬化剂药物的注射，造成囊内的局部的无菌性炎症以后，囊壁纤维化之后完全愈合。
