巧克力卵巢囊肿一般指子宫内膜异位囊肿。通常情况下，子宫内膜异位囊肿目前为止病因还不清楚。子宫内膜异位囊肿是指卵巢内的异位子宫内膜组织周期性反复出血，形成被卵巢实质包裹的血肿，当具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢局部的时候，随着每次来月经异位症的病灶，在卵巢内也会出现出血的现象，患者可以通过囊肿剔除术、囊肿穿刺术、卵巢切除术等方式进行治疗。
巧克力囊肿会引起女性小腹疼痛，痛经，性生活疼痛，阴道内不规则出血，盆腔器官黏连。输卵管阻塞，影响受孕几率，如果长期没有得到有效治疗，会引起女性贫血。巧克力卵巢囊肿属于子宫内膜异位，而子宫内膜异位是导致不孕的重要原因之一。
一般情况下，中医治疗卵巢囊肿的方案有药物治疗、针灸等，具体内容如下：
如果是卵巢囊肿，会出现月经不调、腹痛等症状，并且腹部会变得沉重，就好像是压了一颗石子。在中医上，如果是生理性的卵巢囊肿，可以服用口服避孕药进行鉴别，如果是传染性的卵巢囊肿，可以服用一些中药使其缩小或者消失，可以采用口服的中药进行调理，或者是灌肠，或者是针灸。一些女性卵巢囊肿可以通过服用药物来治疗，但不能完全根治，需要通过服用药物来达到缓解症状，或者是持续生长。
卵巢囊肿手术后病人身体中流失了好多的蛋白质，注意增加蛋白质的摄入量。这样就能帮助伤口快速愈合，也能增加体力。应选择鱼类，因为鱼肉比较容易消化和吸收，多吃蔬菜和水果。
现代医学一般采用手术切除囊肿，痛苦大，潜在风险高，费用也高，恢复缓慢，易感染，对工作，学习和生活有一定影响，放疗，化疗易损伤正气及机体正常细胞，使免疫功能降低，痛苦较大，费用也大，激素类药物易引起肝，肾等其他脏腑功能正常，也会对药品产生依赖性。对卵巢囊肿的治疗基本上分为保守疗法和开刀抽取疗法。