一般情况下，甲状腺囊肿为甲状腺结节内良性病变，若甲状腺囊肿未对周围血管、气管造成压迫，且没有对颈部外观造成影响，则可不予手术，但需要定期复查以观察。
对于已经形成了较大肿块的患者来说，应该选择保守治疗方案，如果甲状腺囊肿影响颈部外观，或出现压迫周围脏器等症状，通常可考虑手术治疗，如在彩超指引下经皮甲状腺囊肿内穿刺、拔出甲状腺囊肿内液体等。
甲状腺囊肿一般大于3公分以上建议切除手术。
具体应该结合囊肿的性质和症状来决定。患甲状腺囊肿值得重视，首先经过彩色多普勒观察囊肿的具体情况。形态、血流无异常、体积不大、3厘米以内，检查甲功各项指标也在正常范围内，可先不切除，手术给予保守治疗，定期复查。经保守治疗仍不能得到有效控制时，囊肿生长速度快，出现吞咽障碍、呼吸困难、声嘶不适，并有恶变迹象时，应及时行手术切除，避免严重后果。
甲状腺囊肿不一定需要手术，其治疗方案取决于结节是否多发、结节大小、结节边界是否完整、钙化与否等来定。
甲状腺囊性结节大部分由甲状腺结节或腺瘤退行性改变引起。囊肿内亦有血液微混悬液，与周围边界清晰，质地坚硬，一般无压痛，核素扫描为冷结节，少数患者可由先天性甲状腺舌骨囊肿或第四鳃裂残余引起。结节大于1厘米，单发，结节边界不完整，结节内伴泥沙样钙化，须警惕甲状腺癌，可细针穿刺细胞学检查治疗，必要时外科手术治疗。
大多数甲状腺囊肿属于良性结节，一般随诊观察即可，但也有部分甲状腺囊肿需手术治疗，具体如下：若结节较大，影响美观或囊肿有破裂可能，可考虑做甲状腺穿刺，抽取囊液，并打硬化剂，以免结节进一步长大或复发，此类方式有一定复发率；若心理紧张，且担心恶性可能，也可考虑手术治疗。
甲状腺囊肿是一种常见的良性疾病，囊肿的意思就是甲状腺表面长出了囊状物，在囊肿内装满了液体，本病可单发，也可以多发，通过甲状腺的初诊，甲状腺囊肿一般没有恶变的风险，直径4mm，说明体积是非常小的，大部分患者也咩有任何临床症状，因此不需要治疗，这部分患者建议每隔半年或者一年定期到医院随访甲状腺的整体状况。
