治疗的方法有：控制高热与惊厥治疗法，高热者给予物理降温和退热药。伴惊厥者可采用亚冬眠疗法。还有局部灌肠疗法：使较高浓度的药物直接作用于病变部位，以增强杀菌作用，并刺激肉芽组织新生，一般作保留灌肠。
支持和对症治疗，腹泻次数多者，大便会带走大量水分和电解质，导致脱水和电解质紊乱，轻者可予口服补液盐，严重脱水者，可考虑静脉输液。可以吃一些抗感染的药物，或者是治疗肠道炎症的药物，如果说是长期性的问题，就需要喝中药来调理。
应采取中医治疗，按中医分型辨证施治用汤药治疗，同时可加用针刺治疗以调整肠道功能紊乱。抗生素治疗，早期用适当的可吸收的抗菌药物治疗，可明显减轻症状和减少菌的排出。
治疗可以用：局部灌肠疗法：使较高浓度的药物直接作用于病变部位，以增强杀菌作用，并且刺激肉芽组织新生，一般作保留灌肠。对症治疗：高热可用退热药及物理降温，腹痛剧烈可用解痉药如阿托品及颠茄。毒血症症状严重者，可酌情小剂量应用肾上腺皮质激素。
抗菌治疗，可使用抗菌药物，静脉点滴或肌肉注射，有效地控制感染；对症支持治疗，比如积极控制高热惊厥、及时进行抗休克治疗、维持水电解质酸碱平衡等。出现肠道菌群失调时，还可以应用益生菌，以利肠道正常菌群恢复。