肛周脓肿治疗手术是对外面的被感染的疏松组织间隙里面的脓液排出、引流，清理里面的坏死组织，然后对内口部分进行切开。当组织完全愈合后，肛周脓肿的治疗就完成。避免了肛瘘的形成。
肛周脓肿因为是肛门局部手术，如果是低位或创伤较小，仅做切开引流术，手术当天就可以坐立。术后早期可适当少坐，逐渐过渡。有些病人坐久局部疼痛会比较明显，不主张早期多坐，但一般术后4-5天以后，正常坐应该没有问题。对于挂线手术以后，结扎线脱落后再坐会更好一些。
单纯的、小的肛周脓肿手术，创面小、恢复快，住院7-10天即可出院，总费用在12000元左右；对于复发或创面较大的，术后需要挂线，包括紧线或松线治疗，部分感染较重，还须延长抗生素的使用、延长冲洗时间，此类的费用能达到2万元以上；某些重症创面换药要求严格，需使用减少创面感染的敷料，其费用更高。因此肛周出现疼痛或不适，须及时就诊。
肛周脓肿自行溃破或人为切开以后，就形成了肛瘘，主要的治疗方式还是需要进行治疗，处理原发的感染内口。内口处理好了，一般不会再复发。所以一般不会存在内口已长好，而外口一直不愈合的情况。
肛周脓肿手术之后，一般需要在医院换药一周左右。在每次换药时，都需要用棉签清理里边的脓。最怕是外边长好了，可是里边还是有脓血，这样有可能需要再次手术。出院一个月以内，建议每次便后都用水清洗，保持干净。一个月之后基本上就没有什么问题了。
