肌腱囊肿可保守治疗，也可以手术进行治疗。
肌腱囊肿又称为腱鞘囊肿，指肌腱腱鞘或关节处的韧带发生劳损性炎症，引起局部组织膜下积液，积液量渐多，可形成囊肿。腱鞘炎主要是因为长期的紧张劳累以及不良生活方式等因素造成。腱鞘囊肿可局部压揉，有时可将积液捏碎吸收囊壁粘连即可。如囊肿较大，不只影响美观，也会带来痛苦，就必须考虑手术切除。
肌腱囊肿，在临床上可以称为腱鞘囊肿。多好发于关节部位，比如腕关节。它的治疗有几种情况，在腱鞘囊肿的初期，可以考虑给予保守治疗，可以人为的按摩囊肿处，将囊肿揉破，同时注意休息。如果经过反复的保守治疗，囊肿经常复发，这时候就要考虑给予手术治疗，即切开将囊肿摘除。手术的要点是要将囊壁切除干净，否则囊肿还会复发。要避免劳累、劳损。因为，劳累、劳损会引起囊肿的复发或者加重囊肿的病情。
一般情况下，肌腱囊肿可通过外部施压、镜下囊肿切等方法来去除，具体内容如下：
肌腱囊肿属于骨关节周围囊肿，为一种退行性疾病。通常是出现在腕背部及腘窝处，部分患者可能没有明显不适，也有部分患者可能偶尔感觉局部憋胀。一般通过外部施压的方法，促使囊肿壁破裂后，囊肿可逐渐消失，其次还可通过镜下囊肿切除的方法彻底去除囊肿，复发率较低。
腱鞘囊肿为良性病变，费用考虑在4百元-5百元，可以考虑进行手术治疗，完整切除，避免复发，具体费用以咨询当地医院为准。平时注意保暖，避免受寒。暂时减少局部活动，避免剧烈运动。可以热敷等物理治疗。
肌腱囊肿吃新鲜的水果、蔬菜好，也可以多吃一些含糖分较少的水果，忌食辛辣、温热食物，慎食高热量、不易消化之品。
可以适量吃含糖分较少的水果，如草莓、青梅等；可以多吃一些蔬菜，如油菜、青菜；可以吃富含蛋白质或者钙质的食物，如瘦肉、蛋类等。
要避免进食油腻、难消化的食物。
平时应养成良好的生活习惯，避免熬夜、过度劳累。
手腕上出现肌腱囊肿。通常需要彩色多普勒超声来确定囊肿的大小。出现疼痛或肿胀且无法移动，必须去医院进行手术治疗，或者可以使用小针刀手术或穿刺封闭注射治疗。如果复发，切开手术。