考虑合并有细菌感染，口腔疱疹主要是由于肠道病毒，尤其是柯萨奇病毒、EV71病毒多见。部分孩子也会出现混合感染，出现发热、口腔疱疹，手足可见红色皮疹，后期可出现指甲、趾甲脱落等情况。治疗上需要服用抗病毒消炎类的药物治疗。
考虑疱疹性咽峡炎由于病毒感染引起的，病程在一周到十天左右。需要在指导下口服药物，会反复发烧几天的，反复发烧是由于病原微生物没有完全消灭所致，这种继续配合治疗。
儿童口腔疱疹，通常认为由病毒感染所致，但是必须与手足口病加以鉴别。如果宝宝口腔出现疱疹，那么很可能是由于病毒侵犯到了口腔粘膜组织而导致。婴儿口腔疱疹可应用抗病毒药物治疗，亦可用双黄连、清热解毒之药，如板蓝根。如果出现皮疹或口腔溃疡等症状时，可选用红霉素、阿奇霉素等抗生素类药物治疗。当婴儿体温高于38.5°C时，可使用美林之类的退热药。家长不要给患儿服用含酒精的药物，以免加重病情或造成不良反应。
此外，家长应该重视儿童口腔卫生，维持其口腔清洁，每日可用淡盐水为孩子含漱，减轻儿童咽部及口腔不适。
通常来说，小孩喉咙有疱疹反复发烧处理方法，具体分析如下：
小孩喉咙有疱疹反复发烧，可能是单纯疱疹病毒感染导致的。如果反复发热不能有效的控制住，需要服用利巴韦林胶囊和蒲地兰消炎口服液等抗菌的药物，严重时也可以通过静脉给药，比如利巴韦林注射液、更昔洛韦等。同时如果温度高于38摄氏度5，可以服用阿司匹林胶囊进行退烧。
在日常生活中，家长应该加强孩子的营养摄入，营造良好的睡眠环境，适当进行户外活动，有助于健康的生长、发育。
当儿童咽喉部存在疱疹，并伴随反复发热症状时，首先考虑为疱疹性咽峡炎，是病毒感染引起的，目前并没有特效的药物，更多的是以对症处理为主。由于这种疱疹很快就会自行破溃，并在咽喉部表面留有溃疡，一定要注意保持咽喉部本身的清洁干燥，注意漱口，保持口腔卫生，也可以局部使用喷剂缓解咽喉。
考虑有合并细菌感染，需要查个血常规CRP，炎症高需要进行抗病毒，退烧输液治疗。孩子咽喉部起疱疹，是疱疹性咽颊炎，属于病毒性感染，可以出现高烧，咽喉肿痛，疱疹破溃后可能并发细菌感染。此病有传染性，注意预防避免交叉传染。
