亚急性甲状腺炎可以通过西医的药物来进行治疗。此时要根据病人的情况选择合适的药物。如果是轻度的，可以缓解局部症状，也可以缓解甲状腺功能的异常。
常用的止痛药物是阿司匹林，也可以服用醋氨基酚、水杨酸盐等药物，对亚急性甲状腺炎有很好的控制作用。如果是比较严重的病人，出现了发热、疼痛等症状，可以使用口服阻滞剂普萘洛尔等非类固醇抗炎药。
也可以使用强的松等糖皮质激素，这是一种能够迅速减轻病人身体不适的药物。在治疗期间要注意观察病人的血沉变化，并在医生的指导下使用药物。
亚急性甲状腺炎等，一般数周或数月后减轻，病程6-12个月，反复发作者甚为罕见。
一旦出现了慢性化过程，则会对患者带来很大的危害，严重时还可导致死亡。如亚急性甲状腺炎反复发作，有可能是糖皮质激素减量过快，停药过早，此症若症状较轻微，可应用非甾体类消炎止疼药，疼痛症状好转即可，如仍伴发热，血沉升高十分明显，可再应用糖皮质激素，以改善症状。对于亚急性甲状腺结节或囊肿者，一般不建议进行治疗。待血沉恢复正常后，再逐步减量，总疗程必须超过6-8周，如停药太快，太早，极易又导致亚急性甲状腺炎的复发。因此对于已经发生了亚急性甲状腺炎的患者，应该尽早进行治疗和护理，避免造成不必要的损失。亚急性甲状腺炎为病毒感染变态反应性炎症，发病前，许多病人都有上呼吸道感染病史。
治疗亚急性甲状腺炎主要通过药物治疗，治疗发热、颈部疼痛等症状。体温高于38.5℃时可进行退热处理，如颈部疼痛、耳颞部疼痛等，可加用非甾体类抗炎药进行止痛治疗，但如果单纯使用非甾体类抗炎药无法控制病情时，排除激素使用的禁忌症，可适当加用激素药物的治疗，具体用药需要在医生的指导下进行，不可盲目用药，容易引发不良反应。
亚急性甲状腺炎和甲亢一般是不一样的。
Graves病的主要表现为：甲状腺激素含量升高，表现为怕热，汗多，手抖等新陈代谢增强，亚急性甲状腺炎起病早期即表现为此类，道理非常简单，在亚急性甲状腺炎早期，滤泡遭到破坏，一但破坏，甲状腺激素便进入血中，使血中甲状腺激素一阵发，由此产生怕热，出汗多，手抖等症状，类似甲亢，所以有些人在发病之初很难区分，亚急性甲状腺炎跟甲亢是不一样的，甲亢病人都会合并眼球突出，甲状腺一般较软、亚急性甲状腺炎、眼睛没有改变，但是触诊具有一定硬度、炎症迹象、发热、疼痛等症状。
若亚急性甲状腺炎症状较轻微，可通过锻炼、饮食等方式，由此获得自愈。
亚急性甲状腺炎属于巨细胞性甲状腺炎的范畴，常继发病毒性上呼吸道感染。由于发病急，所以往往没有明确的诊断方法和治疗措施，在确诊之后会出现一系列严重的并发症，比如高热惊厥，呼吸困难等。若症状较轻微，可通过锻炼、饮食等方式，由此获得自愈。第一，要积极参加体育锻炼，能做运动、跑，可进行太极锻炼，这些锻炼可提高病人免疫能力，从而能够提高病人抗病能力，具有显着抑制亚急性甲状腺炎病症扩大作用。另外应该加强休息，保证充足睡眠，保持心情舒畅，不要过于紧张焦虑，以免导致病情加重。也可注意膳食，食用鲜虾、鸡蛋等优质蛋白，也可多吃含维生素较高水果，忌些高油腻，高脂肪类食品，透过上述的饮食，也有锻炼的机会，亚急性甲状腺炎通常可以自愈。
亚急性甲状腺炎多由病毒感染引起，以发热、甲状腺疼痛、肿大伴全身炎症反应为特征。症状轻微者可给予消炎镇痛剂治疗，以减轻炎症反应及缓解疼痛。糖皮质激素可迅速缓解疼痛，减轻甲状腺毒症症状，缩短病程。
