肾积水手术治疗要及早合理使用，手术治疗矫正了肾盂输尿管连接部的异常情况，力争肾功能得到更大的康复。
术后随访观察有无并发症及复发情况。肾积水较重的患者，肾功能破坏很重，对侧肾正常的患者可以行积水肾切除术。双侧肾积水或有合并其它疾病如高血压、糖尿病等患者不宜做此术式。操作以梗阻轻微为原则、肾盂肾盏扩张不重则行简单矫正手术，扩张显著者应切去病灶之狭窄，及扩张过多之肾盂，再行吻合术，更为严重的是进行肾切除手术。
双肾积水的处理应谨慎，尽力留住肾，单侧肾积水较重、单侧较轻者可先处理重度单侧，避免肾功能不全的出现异常。
对孕妇来说，子宫随时间而逐渐变大，胎儿的逐渐发育可引起双侧输尿管的压迫，此种状况可使肾脏所形成之尿液排出阻力升高，继发性则可引起双肾发生积水。
对孕妇肾积水，有生理上的反应，建议应定期变换睡眠体位，解除对输尿管的压迫，可在一定时间内左侧卧位，亦可取右侧卧位，从而避免积水的进行性恶化。孕妇肾积水，如无结石发生，普遍问题不大，等小孩生下来以后这积水通常就能自己减轻了，如积水逐渐加重，可考虑保留双J管的支持，通常不特别推荐介入性处理。
只有排出结石肾积水才能好，排石治疗需要根据结石的大小而定。结石6毫米以下，可以用药物、运动、多饮水；结石6毫米以上20毫米以下，可以通过体外冲击波碎石或者腔镜治疗；结石20毫米以上，就得开放手术。
双肾积水可以考虑手术治疗。如果要治疗结石引起的肾积水，当然是直接清除病因，把结石取出，肾积水的症状就能得到治疗。美国钬激光碎石技术畅通输尿管，挽救积水的肾脏，快速恢复肾功能活力。
治疗主要是处理结石解除梗阻，解除梗阻后积水可慢慢消失或好转。肾结石的治疗需要根据结石的大小以及患者的情况综合考虑。对于结石小于2cm的可以行体外碎石治疗，碎石效果不明显的可以行输尿管软镜碎石，对于大于2cm的，可以行输尿管软镜或经皮肾镜碎石术。
可以进行体外冲击波碎石，碎石后结石排出输尿管梗阻恢复通畅，则肾积水即可消失。如果结石巨大，并且是多发结石，呈石街样改变，可以行腹腔镜输尿管切开取石或手术开放切开取石。
