一般情况下，两岁宝宝半夜发烧39度，可以通过药物治疗、物理治疗、日常护理等方法进行治疗。具体分析如下：
1.药物治疗：两岁宝宝半夜发烧39度，属于高热的范畴，家长可以在医生的指导下使用布洛芬混悬液、对乙酰氨基酚混悬滴剂、小儿豉翘清热颗粒等药物给宝宝治疗。
2.物理治疗：两岁宝宝半夜发烧39度，可以贴退热贴、用冰块冷敷额头、温水擦浴、等，达到物理降温的效果。
3.日常护理：平时多带孩子进行体育锻炼，具有增强体质的效果，还要多晒太阳。
一般情况下，宝宝发烧超过39摄氏度是高烧。因为腋下的温度通常是以36～37摄氏度为正常体温，其次体温小于38摄氏度界定为低热，若在38摄氏度到38.9摄氏度属于中度发热，体温在39到41摄氏度属于高热，所以宝宝发烧超过39摄氏度是属于高烧，建议家长及时帮助宝宝进行物理降温，并谨遵医嘱使用药物改善发烧的情况，以免发烧持续时间较长，出现更为严重的后果。
宝宝发烧一般都是由于炎症引起的，炎症消退了，体温自然而然会消退的。首先要明白道理，给宝宝采取对症处理的方法，不要动不动就给宝宝输液。一定让宝宝多喝水，超过38.5度，口服退烧药低于38.5度，给宝宝物理减温，至少需要三天。
通常情况下，半夜宝宝发高烧，家长可以通过使用药物、物理降温等方式进行治疗。具体情况分析如下：
1.使用药物：半夜宝宝发高烧，家长可以按照医嘱给宝宝使用小儿双金清热口服液、小儿柴桂退热颗粒、清开灵颗粒等药物进行治疗。
2.物理降温：半夜宝宝发高烧，家长可以通过用温水打湿毛巾后，擦拭宝宝的额头、颈部、腋窝等部位，可以起到物理降温的作用。
需要立即退热处理，可肌注药物来进行紧急退热，也可给宝宝口服退烧药，同时也要进行物理降温，比如给宝宝戴冰帽，或者用冷毛巾冷敷额头、小腿等处，每隔五分钟换一次。
如果只是低烧的话，是不用太过在意的，适当的多喝点水，用温水擦拭身子或者是用酒精擦，手心脚心的。这样就会有所缓解。但是如果温度超过38度5，这是退烧药。要不然是很容易出现惊厥的症状。
