双侧多发肾结石并发肾积水首先考虑体外冲击波碎石治疗。要积极治疗肾结石，结石排出后，肾积水一般都会自行消失。小于0.6厘米的结石，口服排石药物治疗，较大的结石可选择体外震波碎石，然后多喝水，多运动，促进结石排出。
肾结石、肾积水、输尿管扩张考虑为肾结石引起肾积水，而输尿管结石导致输尿管扩张，可以通过保守治疗、手术治疗来干预。
肾结石可能导致肾脏堵塞，形成肾结石，但通常并不会引起输尿管的扩张。如果出现输尿管扩张的情况，可能是输尿管结石造成的。而输尿管结石通常是肾结石掉落到输尿管中引起的，可能引起结石的滞留，进而出现肾结石、肾积水及输尿管扩张的情况。如果结石比较小，可以通过使用药物、多喝水来促使结石排出；但如果结石比较大，则需要及时行外科手术，来取出结石。
如果结石大于0.5厘米小于1.2厘米，结石嵌顿的时间不长，肾积水不严重，可以考虑体外震波碎石。如果结石在输尿管下段，怀疑有肉芽组织包裹，建议行输尿管镜钬激光碎石。如果结石在输尿管上段，可以考虑输尿管软镜或者经皮肾镜手术。
肾积水的症状如果非常严重的话，肾盂和输尿管的部位就会有可能被扩张的也非常严重，应该立即采取手术的方法来进行治疗，要不然的话就会造成其他更加严重的疾病的发生。如果肾积水的症状不是特别严重，梗阻的也比较轻，可以应用药物治疗配合矫正手术进行治疗。
肾积水伴输尿管结石可以通过一般治疗、药物治疗、手术治疗来改善病情。
1、一般治疗：当出现肾积水合并输尿管结石时，患者可能会出现恶心呕吐、腰腹部疼痛、排尿困难、血尿等不适，在治疗的过程中要注意多喝水，适当的运动，一般有利于缓解梗阻的情况。
2、药物治疗：建议遵医嘱进行药物治疗，如使用枸橼酸氢钾钠颗粒、碳酸氢钠片等药物，可以碱化尿液，促进结石排出。如果出现了肾绞痛，一般要遵医嘱应用双氯芬酸钠缓释胶囊等非甾体类镇痛抗炎药物。
3、手术治疗：在保守治疗无效的情况下，可积极就医，采用体外冲击波碎石、经皮肾镜碎石术、输尿管镜碎石等方法进行治疗。
尿管结石伴有肾积水，提示已出现梗阻性肾病，建议积极排石治疗，尽早解除梗阻。根据结石的大小，可以采取内科治疗和外科治疗。如果结石直径小于0.6cm，一般通过应用解痉的药物，比如654-2，钙离子拮抗剂，多饮水，多运动可以排除体外。如果结石超过0.8cm，就要采取外科治疗，比如体外震波碎石，或者是输尿管镜，或者是开放手术治疗。