通常情况下，阴茎3厘米长只有通过手术的方式进行治疗。具体内容如下：
一个成年男性的阴茎只有三厘米长，通常是不正常的，可能性先天性发育问题，或者是处于青少年时期，长期有自慰的习惯导致的阴茎短小。三厘米长的阴茎，只能考虑通过手术治疗，建议去正规的医院挂泌尿科就诊，做阴茎延长术。
手术恢复期间，忌酒精、辛辣食品摄入。日常生活中多食用清淡食物，可以多吃水果、新鲜的蔬菜等。保证每日饮水量，保持尿路通畅。
一般来说，阴茎根部有疙瘩可以使用药物消除。
阴茎根部长了疙瘩，需要考虑是不是正常的毛囊，因为阴茎根部有大量的阴毛。如果是毛囊感染，可以外用红霉素软膏或莫匹罗星软膏进行抗炎处理，这样才能逐渐消失。也有可能是由于阴囊湿疹，导致了阴囊湿疹。首先要注意阴囊的局部清洁和干燥，要穿上透气性好的内裤，同时要多喝水，吃一些清淡的食物。外用皮炎平软膏或湿疹软膏。
阴茎短小有办法解决，可以在指导下进行检查，确定是不是生殖器发育短小，如果出现阴茎短小影响性生活，可以通过阴茎延长术进行治疗。把隐藏在盆腔里的那一部分阴茎拖出来，从而达到延长的目的。
成人阴茎勃起后长11-16cm，周长10.8cm，自然状态下长7-9cm，周长6.9-9.4cm，测量方式是从龟头到阴茎背侧（即和腹部连接处）根部的长度。饮食疗法对阴茎增粗增大有一定的辅助作用，常吃牛肉、羊肉、狗肉、豆制品可能使阴茎和第二性征的发育。
如果阴茎在勃起的时候会出现龟头不硬的情况，这属于龟头比较小的一种，如果阴茎勃起的时候不会出现明显的变化，但是颜色会出现充血的情况。
如果阴茎的勃起时间正常，并且勃起的硬度可以达到正常的性生活需求，那么就可以避免出现龟头的问题。如果龟头不出现炎症、脓性分泌物等情况，那就很正常了。在同房的时候一定要注意个人的卫生，不要频繁的做爱。
阴茎根部有时隐隐痛时，可以服用莫西沙星，阿奇霉等药品进行治疗。
一般来说，阴茎根部隐隐作痛需要排查前列腺炎，且大多都是由前列腺炎等炎症性疾病所导致的。需要患者去往医院进行详细的检查，明确病因，进行准对治疗。对于由常见病毒感染的列腺炎等炎症，就可以服用莫西沙星等药品进行消炎治疗，从而治疗炎症。相反，若是由特殊病原体感染导致炎症，就可以在医生的指导下服用阿奇霉等较为特殊的药品进行治疗。
