通过置入探头通过直肠乙状结肠，降结肠，横结肠升结肠到回盲部。观察肠壁粘膜是否有病变。一般分为有痛肠镜和无痛肠镜。有痛肠镜，不用麻醉，但是疼痛程度尚可忍受，不至于捅破肠壁。无痛胃镜冲破肠壁的风险会增高。
能感觉到疼痛，但是不像想象的那么痛苦，肠镜检查过程中要向肠腔注气使肠腔充盈，才能够清楚的观察肠黏膜病变，所以在肠镜检查后都会感觉到腹部胀痛不适。缓解胀痛可以到厕所蹲厕所拍拍气，用手轻揉腹部协助排气。不用太担心。检查之后，才可以对症用药治疗。
不同的人做肠镜的体验也不同。腹胀和疼痛的体验是不多见的，多数的人只是感觉肚子有点胀，想排便，疼痛只发生在进镜困难的病例，比如肠道走行曲折或者有肠道狭窄和肠道痉挛时。越是紧张，越容易出现疼痛的感觉，尽量放松会减轻不适。
应该是从两个方面来分析，普通的肠镜下，一般疼痛，很多时候都与病人的肠道走行有很大的关系，一般偏瘦的病人或者是过度肥胖的病人，肠腔走行比较狭窄的或是比较弯曲锐角比较多，做检查过程中会出现疼痛的。其次，做肠镜的疼痛也与操作的手法，有一定的关系。
首先腰痛，下腰发作会有一定的诱因，例如与运动和活动有一定的关系，休息过后腰痛的症状可能会缓解或者减轻。腰疼有时可能会放射至臀部和下肢疼痛。查体结合拍x线片子可以进行诊断。如果是肾疼，注意观察排尿的情况，是否存在着尿急、尿频、尿痛的症状，观察排尿的颜色、尿量、性状。休息后，多不能够缓解疼痛。
