巧克力囊肿的治疗办法就是怀孕，能够引起异位的内膜脱落，让囊肿消失。其次就是药物治疗，小于5厘米的时候可以考虑药物，西药是避孕药一类的，中药是活血化瘀一类的。最后考虑手术治疗，手术治疗很多还是会复发的。
可能是由于长期的饮食结构，不良的生活习惯，过度的心理压力等因素，可能是生理的问题，病理治疗取决于囊肿的大小，如果现在囊肿仍然比较小，可以保守治疗一段时间。如果现在囊肿较大并且可以通过腹腔镜微创手术治疗。
前列腺囊肿可以药物治疗。前列腺囊肿就是由于前列腺炎久治不愈，反复发作，炎症形成囊肿块，前列腺炎加重导致的。较小而无症状的囊肿可不必治疗，较大的囊肿或有症状的小囊肿可用手术治疗！一般不影响生育的。平时不要性生活过度，不要久坐着。
巧克力囊肿可采用腹腔镜手术，在腹腔镜下对囊肿进行切除。术后打针阻断内膜异位症的复发，阻断巧克力囊肿复发可以用一些药物。手术刀口较小，对身体的损伤和痛苦也会小很多。
乳腺的疼痛跟体内激素或者乳腺管的炎症有关系，一般饮食影响不大，可以避免辛辣或者辛凉的食物刺激就可以了。可以适当的服用药物，但是治疗期间，必须保持乐观的心态，少生气，少吃辛辣刺激性食物。
