输尿管畸形可以通过手术进行治疗，具体分析如下：
1、如果输尿管畸形，此时无肾积水，无尿液引流障碍，临床上无需治疗。但是，腰痛、肾功能损害、肾积水等情况下，可以通过外科手术，将反复的输尿管或积水的上位肾盂切除。
2、巨输尿管病，由于运动引起的同侧肾积水，时间长了很容易造成同一侧的肾功能减退。治疗时要考虑到输尿管的切除。
3、肾盂、输尿管先天狭窄，肾盂积水会导致肾功能受损。目前的治疗方法仍然是外科，即通过手术，将狭窄的部分切除，并进行输尿管端端吻合术，以确保输尿管通畅，预防肾积水。
可以采取体外激光碎石或经膀胱输尿管镜取石的方法来治疗。如果是输尿管占位或狭窄引起，需要外科手术治疗。如果是输尿管外病变压迫输尿管引起的，需明确病变位置，外科手术解除局部压迫。
肾积水手术治疗要及早合理使用，手术治疗矫正了肾盂输尿管连接部的异常情况，力争肾功能得到更大的康复。
术后随访观察有无并发症及复发情况。肾积水较重的患者，肾功能破坏很重，对侧肾正常的患者可以行积水肾切除术。双侧肾积水或有合并其它疾病如高血压、糖尿病等患者不宜做此术式。操作以梗阻轻微为原则、肾盂肾盏扩张不重则行简单矫正手术，扩张显著者应切去病灶之狭窄，及扩张过多之肾盂，再行吻合术，更为严重的是进行肾切除手术。
双肾积水的处理应谨慎，尽力留住肾，单侧肾积水较重、单侧较轻者可先处理重度单侧，避免肾功能不全的出现异常。
小儿左肾积水伴左侧输尿管上段扩张可能是有结石或肾盂输尿管连接处狭窄，要进行辅助检查，建议做造影。结石可以进行碎石治疗。肾盂输尿管连接处狭窄要进行手术。
尿路不畅是肾结石导致肾积水，严重的会导致集合系统分离、脓肿、急性肾功能衰竭，建议进行抗感染治疗，若无法改善要手术取石。肾积水可口服药物调理，去除肾积水最好是针对病因治疗。根据病因性质选择手术方法，先天性肾盂输尿管连接部狭窄可以进行肾盂成形术，肾输尿管结石可以通过取石或碎石术。
谈到左肾积水的治疗，首先应该明确积水的原因，因为原因不一样，治疗方法也是不一样的。能够引起左肾积水比较常见的原因是左侧输尿管结石、左侧肾盂输尿管连接处狭窄、左侧输尿管肿瘤等。对于输尿管结石，结石在5mm以下可以先尝试应用排石颗粒、枸橼酸钾等药物治疗。
主要考虑还是有轻度的炎症刺激导致出现的症状主要就是选择应用一些抗炎的药物，配合清热解毒的药物等进行对症治疗，必要的时候可以适当饮用一些利尿药物来缓解水肿。要及时到医院的泌尿外科就诊。