肛瘘一旦确诊要手术，吃药和打针都没有治疗意义。手术之后伤口完全长好，需要一个半月左右的时间。术后需要每天换药，换到伤口完全长好，要多休息避免运动，饮食清淡。
肛瘘是肛周脓肿发展到一定程度形成的，一般不可自愈，发展到一定程度后会产生严重的危害：肛瘘导致流脓感染，疼痛、瘙痒，坐立不安，随着病情的发展，肛门组织受到破坏，容易产生肛门失禁；由于大量的炎症和细菌侵袭，出现了恶变的危险。早期肛瘘发生存在潜在的危险，早治疗可有效防止危害的产生。肛瘘早期治疗方法有药物治疗、传统手术等。
如果出现肛瘘症状，说明痔疮或肛裂没有及时治疗。肛瘘只能通过手术治疗，没有其他方法，而且这段时间需要定期排便。平时多吃新鲜蔬菜，水果出现无食，养成良好习惯，避免便秘。
得了肛瘘首先需要注意肛门部的清洁卫生，不可抓搔。应经常用温水泡洗肛门，每晚要洗一次，可以用温盐水外洗。还有内裤要勤换、勤洗、暴晒，也可用肛门袋保护肛门，以免过多污染内裤，肛门袋亦要经常换洗，不要让脓液、分泌物积留在伤口部位。
肛瘘要及时手术治疗，患上了肛瘘就没有自愈的，可早治疗，术后的换药很重要。肛瘘分为简单瘘和复杂瘘两种，每种肛瘘又分为低位瘘和高位瘘。简单肛瘘只有一个内口和外口，复杂肛瘘则有多个管道和外口。治疗方面：肛瘘主张早期手术，保守治疗对肛瘘症状效果不明显。
