肛周脓肿一旦形成应立即进行抗感染治疗，并注意卧床休息，减少活动。饮食宜清淡易消化，忌食刺激性食物。局部可熏洗、坐浴或热敷，如果保守治疗不缓解或者病情较重者需要手术治疗。
术后的伤口大概得4-6周的时间进行愈合，有些病人的病情更为复杂的，所以可能时间会更长，比如脓肿深、范围大、高位脓肿、复杂性脓肿等这些疾病的愈合时间就要延长了。肛周脓肿的引起是一般都是肛窦腺感染造成的，但是也可能还有其他的问题，比如有溃疡性结肠炎、克隆斯病甚至肛周的肿瘤肛周的接种等，都可以引起肛周脓肿。
做手术因为有麻醉是不痛的，麻醉是由麻醉师来完成的，但麻药过后会痛的，可以要点止痛片，过一个晚上主动性的疼痛会好点。如果用的是半身麻醉，做完手术后下半身会完全没有知觉，然后慢慢恢复知觉，半麻后小便会成问题。
做手术因为有麻醉是不痛的，麻醉是由麻醉师来完成的，但麻药过后会痛的，可以要点止痛片，过一个晚上主动性的疼痛会好点。如果用的是半身麻醉，做完手术后下半身会完全没有知觉，然后慢慢恢复知觉，半麻后小便会成问题。
肛周脓肿术后可以正常排便的，肛周脓肿手术会造成肛门周围的组织受损，但是不影响正常排便，排便要定时解掉，不然引起便秘会更加难处理，排便后用清水洗下肛门周围，保证肛门的卫生，饮食要注意保持清淡，主要以流质食物为主。
在创面上有内口、瘘管，创口经久不愈，成为肛瘘的外瘘口。自外口反复流出少量脓性分泌物和粪水污染内裤，分泌物时多时少，分泌物对皮肤的刺激，可引起局部皮肤瘙痒，严重者皮肤发生湿疹样改变。
